Несколько слов о том, что происходило в монастыре после его закрытия в 1918 году и создания в нем исправительно-трудового лагеря. Есть свидетельство дочери Льва Николаевича Толстого Александры, которая отбывала в лагере срок, что каждую ночь заключенные разрывали могилы в поисках драгоценностей, за находку которых они получали увольнительные в город. Это свидетельство эмоциональное, а есть и документальное. В рапорте санитарного врача лагеря в Главнауку от 9 октября 1923 года говорится: «Новоспасский ИТЛ находится в крайне антисанитарном состоянии, некоторые из склепов могил доступны любопытным, гробы вскрыты и части скелетов валяются открытыми. Некоторые погреба, а в особенности подвал под монастырем, загажены и представляют из себя настоящую клоаку». Это неудивительно, поскольку лагерь, рассчитанный на 250 заключенных, вмещал 430 человек, не считая охраны и сотрудников с семьями (Пасхалова Т.В., Станюкович А.К., 1997).
По воспоминаниям человека, жившего в монастыре с 1918 года, в подклете пытались сделать столовую для заключенных. Затем ее открыли в Покровском храме, а над входом в усыпальницу долго сохранялась надпись «Столовая». После ликвидации ИТЛ монастырь был передан в хозяйственное управление НКВД. В усыпальнице сделали склад. Все эти годы мозаичный Образ Нерукотворенного Спаса над входом в усыпальницу закрывал щит с изображением дымящих заводских труб и надписью «Дома культуры вместо монастырей!».
В 1950-х годах щит вдруг упал, и жители «Кировского городка», как называлось тогда общежитие в монастырских стенах, помнят, как бесстрашные бабушки перед праздником Пасхи, подставив лестницу, отмывали открывшуюся красоту. С 1968 года помещения монастыря были переданы научным учреждениям, руководившим реставрационными работами. Планировалась организация здесь музея реставрации. Архитектором К.К. Морозовым (1982) была издана интересная книга о достопримечательностях монастыря, где говорится и об усыпальнице, которая оставалась в небрежении.
В 1991 году монастырь был передан Русской Православной Церкви, и в его стенах была возрождена мужская обитель. После ухода реставраторов братией и прихожанами монастыря все помещение подклета было расчищено и приведено в порядок, однако, о восстановлении усыпальницы не могло быть и речи, поскольку братия во главе с наместником, тогда еще архимандритом Алексием (Фроловым), стала налаживать богослужебную жизнь.
В 1990-х годах авторитетная комиссия московских археологов под руководством доктора исторических наук А.К. Станюковича по Благословению Священноначалия начала исследовательские и восстановительные работы в усыпальнице обители. В работе комиссии принимал участие крупнейший в стране специалист по судебно-медицинской идентификации личности профессор В.Н. Звягин. Учеными были получены уникальные результаты. Найдены не только достоверно известные в начале ХХ века захоронения Романа Юрьевича Захарьина, его сыновей