Доподлинно неизвестно, почему именно здесь нашли место своего упокоения представители боярского рода Кошкиных-Захарьиных-Юрьевых-Романовых. Можно предположить, что они принимали участие в строительстве храма или пожертвовали монастырю свои земли, поскольку есть более позднее упоминание о родовых вотчинах Романовых в Васильцовском стане в XVI веке. Но таков промысел Божий, по которому «дворцовый», «великокняжеский» монастырь стал последним прибежищем прародителей будущей царской династии.
Первое захоронение в усыпальнице датируется 1498 годом, когда здесь был погребен Василий Юрьевич Захарьин-Кошкин – московский боярин, служивший с 1493 года Ивану III. Могила его неизвестна. Последнее состоялось в 1679 году, когда в усыпальнице была погребена дочь царя Михаила Федоровича. Ирина Михайловна была похоронена уже под новым собором, строительство которого было закончено в 1647 году. Старый храм был разобран «до подошвы», и одной из главных причин, побудивших царя Михаила построить новый храм, как считал И.Д. Дмитриев (1909), было желание, «чтобы тела царских пресветлых родителей покоились не вне храма, как многие из них, вследствие увеличения размера усыпальницы, могли бы остаться, но непременно под сводами его».
Первое документальное упоминание об усыпальнице Романовых относится к 1616 году. Именно в этом году по указу матери царя инокини Марфы из Государевой Царицыной палаты были доставлены новые покровы на все гробницы. Таких покровов было изготовлено 46, возможно, по числу надгробий. Известно «Описание царских пресветлых прародителей… благородные их телеса положены… во обители Всемилостивого Спаса на Новом», составленное 12 июня 1687 года, так называемый Новоспасский Помянник. В нем значатся 70 имен. Помянник составлялся, по-видимому, как по монастырским Кормовой и Вкладной книгам и разновременным синодикам, так и по фактически существовавшим надгробиям. В XVII веке усыпальница соблюдалась в «наибольшем порядке», так как имела в это время прямое попечение первых Романовых: описаны частые царские выходы для молитв на могилах предков.
К сожалению, замечательный монастырь вплоть до второй половины XVII века не имел исторического описания. Первое из них было составлено