Точно так же, как в последние годы президентства Вашингтона, при Адамсе существовал приоритет внешней политики. Он прилагал все силы, чтобы сохранить нейтралитет США во время великого европейского конфликта, главными участниками которого были Франция и Великобритания. Президент понимал, что только неучастие в войне может способствовать укреплению и в будущем процветанию слабых еще США. В то же время каждая из воевавших сторон прибегала ко всевозможным, в том числе провокационным, уловкам, чтобы привлечь заокеанскую республику на свою сторону.
Особенно активными оказались французы. После начала Великой французской революции симпатии большинства американцев были на ее стороне. Однако казнь короля, кровавый террор якобинцев, череда государственных переворотов – все эти события привели к тому, что популярность революционной Франции стала падать. В США был ратифицирован Сенатом мирный договор с Великобританией. В ответ французские власти начали перехватывать американские торговые суда, направлявшиеся к английским берегам. Правда, атаки выдавались за действия пиратов, однако было ясно, что во всех случаях за ними стояла французская Директория. Число потопленных и ограбленных американских судов достигло нескольких сотен. Ходили слухи, что французы готовятся к высадке на западном континенте. Стремясь сохранить мир, Адамс отправил в Париж посольство. Однако министр иностранных дел Франции Шарль Морис де Талейран-Перигор, уже известный как мастер беспринципной интриги, передал посланникам, что он вступит в переговоры только при передаче крупной взятки ему лично и обещании займа его правительству. Это «послание» министра, переданное через трех его представителей, имена которых Адамс, получивший донесение на этот счет, отказался называть, обозначив их как «X, Y, Z», получило название «дела XYZ».
Вначале Адамс предпочел не обнародовать дело, чтобы не возбуждать страсти. Но сведения об этой истории, достигшие общественного мнения, вызвали такую бурю негодования, что президент вынужден был издать прокламацию о готовности США к войне. Не будучи военным, сам он стал появляться на публике в военной форме и даже с саблей, прикрепленной к поясу. По предложению президента были предприняты меры по укреплению вооруженных сил: Конгресс принял решение о формировании новых частей, доведя их численность до 10 тыс. человек, и, главное, о строительстве двенадцати 30–40-пушечных фрегатов, за что за Джоном Адамсом закрепилась слава основателя ВМФ США.
Хотя война объявлена не была, фактически с 1798 по 1800 г. у побережья то и дело вспыхивали морские бои. Вопреки ожиданиям, американские военные корабли оказались боеспособными.