При этом Джефферсон решил попробовать свои силы в совершенно другой области, и в 1785 г. он принял предложение отправиться во Францию в качестве дипломатического представителя США. Ему удалось добиться поддержки американской революции со стороны Франции. Принятый с почетом при Дворе короля Людовика XVI, он, человек с уже устоявшимися республиканскими взглядами, вынужден был лицемерить, следуя дворцовому этикету, чтобы максимально расширить военную помощь своей стране со стороны крупнейшей абсолютной монархии Европы. Отнюдь не симпатизируя свободолюбивым стремлениям американцев, Людовик подпал под обаяние Джефферсона, который убеждал его в том, что поддержка американцев ослабит главного соперника Франции – Великобританию. Французская помощь сухопутными войсками и особенно флотом способствовала обретению независимости заокеанским государством. Джефферсон приветствовал начало революции во Франции в 1789 г. Но в том же году он возвратился на родину, оставшись другом и почитателем французского народа и культуры этой страны, считая французов нацией, заслуживающей подражания.
С учетом дипломатических успехов Джефферсона, Вашингтон назначил его государственным секретарем, то есть министром иностранных дел (госсекретарь считался тогда первым помощником президента и имел определенные полномочия в области внутренней политики). Очень быстро возник, а затем углубился конфликт между ним и секретарем казначейства федералистом Александром Гамильтоном. Создание Первого банка США и начатые им финансовые операции по выплате военных долгов привели к денежным спекуляциям и усиливавшемуся расслоению общества. Гамильтон и его сторонники считали это естественным процессом, тогда как Джефферсон и возглавляемые им республиканцы обвиняли федералистов в том, что они, организуя выплату долгов все более обесценивавшимися бумажными банкнотами, получали за одолженные ими деньги полноценную золотую валюту.
Поскольку Вашингтон поддерживал в основном Гамильтона, в его руки отчасти перешли и внешнеполитические вопросы, хотя они являлись областью ответственности Джефферсона. Стремясь к примирению с Великобританией, вступившей в войну с Францией, Гамильтон обвинял Джефферсона в «женственной привязанности к Франции и столь же женственной неприязни к Великобритании». Понимая, что власть все более ускользает из его рук, Джефферсон в конце 1793 г. ушел в отставку и удалился в свое вирджинское поместье Монтичелло.
Он занялся благоустройством своего поместья, спроектировал его главное здание – этакий небольшой замок. В то же время он очень внимательно следил за американской политикой. Его крайне возмутило подписание в ноябре 1794 г. с Великобританией «договора Джея» (о дружбе, торговле и мореплавании), который в американском обществе был расценен как неравноправный.
Действительно,