Как и ожидалось, признание Бенеша ведущим политиком в стране встретило сопротивление со стороны национальной политической элиты. Одним из главных оппонентов Бенеша в этом плане выступал Крамарж. Спор между ними разгорелся в основном по двум вопросам: во-первых, какие факторы, внутренние или внешние, сыграли основную роль в создании Чехословацкой республики[131]; во-вторых, какую политику следует проводить в отношении большевистской России. Когда вскоре по приезде в Прагу, 30 сентября 1919 г., Бенеш в докладе временному Национальному собранию представил свою деятельность заграницей, он попытался объяснить депутатам, что заслуги в деле создания чехословацкого государства принадлежат прежде всего заграничному Сопротивлению во главе с Масариком и им самим. Это утверждение встретило все более нарастающее несогласие так называемых «мужей 28 октября», К. Крамаржа, А. Рашина и других «политических вождей» нации. Разгорелась нешуточная полемика. Крамарж и его сторонники утверждали, что заслуги внутреннего антиавстрийского сопротивления гораздо более весомы, чем зарубежная деятельность Масарика и Бенеша, что именно находившиеся в Чехии политические вожди привели нацию к революции, а эмигранты лишь играли роль своего рода министерства иностранных дел республики, созданной восставшим народом.
Свою позицию в отношении большевистской России Бенеш изложил в заграничной комиссии Национального собрания в феврале 1920 г., подчеркнув при этом полную солидарность МИДа со взглядами Масарика на эту проблему. Бенеш утверждал, что различное отношение к России сложилось в Чехии еще в годы войны, когда одни верили в силу российского оружия и надеялись на освобождение чехов и словаков Россией, а другие, оказавшиеся правыми, делали ставку на Запад. Сторонников первого взгляда Бенеш считал романтиками,