Хотя все Киклады и Северные Спорады формально зависели от капитан-паши и платили ему налоги, но в российских консульских донесениях 1780-х годов имя его не упоминается (в то время эту должность занимал Хасан-паша Джезаирли). И это упущение не было случайным. Реальная власть в Эгейском Архипелаге принадлежала Николаосу Мавроенису, драгоману флота[110]. Имя этого высокого должностного лица неоднократно упоминается в российской дипломатической переписке. Так, в мае 1785 г. Булгаков писал о Николаосе Мавроенисе, что тот «есть первый советник, управляющий всем поведением капитан-паши»[111]. Войнович же высказывал о Николаосе Мавроенисе и его брате Димитриосе весьма отрицательное мнение, согласно которому братья Мавроенисы суть жестокие угнетатели островитян и «смертные враги российского имени». Консул также выражал сожаление, что во время Архипелагской компании 1769–1774 гг. он заступился за Димитриоса Мавроениса, которого главнокомандующий А. Г. Орлов хотел повесить[112].
Теперь перейдем к другой группе Эгейских островов – к тем, которые не входили в епархию капитан-паши. Наиболее крупными из них являлись Самос, Родос и Хиос, расположенные вблизи побережья Малой Азии. Согласно донесениям консула на Родосе Турнавити, островом управлял представитель власти, именовавшийся мюселимом[113][114]. Согласно же донесению консула на Самосе Ф. Гаттески, «ага и кади составляют его правление и являются единственными турками на всем острове»[115].
Более детальную информацию российские консульские донесения дают об административной системе Хиоса. После завоевания этого острова турками в 1566 г. он ежегодно платил фиксированную сумму в казну Османской империи, сохранив при этом свои учреждения и самоуправление. Но к концу XVIII столетия эти привилегии были в значительной степени ликвидированы. Главой администрации Хиоса (так же как и Родоса) был мюселим; он же одновременно являлся и откупщиком сбора налогов с населения. Срок властных полномочий мюселима был небольшим (один или два года), и главной его целью являлось собрать с райи как можно больше денег. Что же касается других органов управления, то, как сообщал в 1800 г. консул на Хиосе А. Бани, здесь существовали два совета: турецкий, который насчитывал 14 ага, и греческий, куда входило 40 проэстосов. Этот греческий совет принимал определенное участие в управлении островом[116].
Свои особенности в системе управления имел Крит. В 1786 г. остров делился на три провинции – Канея, Ретимно и Кандия, которыми управляли паши[117].