Parisdə təhsil aldığı dönəmdə qələmə aldığı yazılarında Əhməd bəy islamdan öncəki İran tarixinin müxtəlif aspektlərinə toxunmaqla bərabər, müasir İranın dövlət dini olan şiəliyin mahiyyəti və tarixi kökləri haqqında da maraqlı fikirlər səsləndirirdi. Bu baxımdan onun 1892-ci ilin sentyabrında Londonda keçirilən IX Beynəlxalq şərqşünaslıq konfransındakı «Şiəlik təlimində məzdəki inancları» adlı məruzəsi xüsusi maraq doğurur. Qeyd edək ki, Ə.Ağaoğlu faktiki olaraq belə nüfuzlu elmi tədbirdə çıxış etmək imkanı qazanmış ilk müsəlman araşdırmaçı idi.
Ağaoğlu məruzəsində göstərirdi ki, şiəlik – islam ehkamları ilə İranın qədim dini inanclarının, ilk növbədə məzdəkiliyin birgə məhsuludur. O, şiə təlimi ilə məzdəkilik arasında paralellər apararaq çoxsaylı tarixi faktları müqayisəli təhlil edirdi. Nəticədə şiəliklə məzdəkiliyin bir çox təməl prinsiplərinin oxşar olması və ya eyniyyət təşkil etməsi qənaətinə gəlirdi. Ağaoğlu vurğulayırdı ki, islamda şiəlik cərəyanı hələ VII əsrdə Ərəb xilafətində hakimiyyət uğrunda gedən mübarizənin nəticəsi olaraq ortaya çıxsa da, onun qəti olaraq formalaşması və islam aləmində real siyasi qüvvəyə çevrilməsi birmənalı olaraq iranlıların xidmətidir. Onun qənaətinə görə, iranlılar şiə təlimini öz milli maraqlarının müdafiəsi vasitəsinə çevirə biliblər. Bunun üçün islamın əsaslarına toxunmaq belə lazım gəlməyib; çünki iranlılar yaxşı anlayırdılar ki, sonuncu addım ərəblərin kəskin reaksiyasına səbəb ola bilər.
Ə.Ağaoğlunun fikrincə, bu baxımdan Məhəmməd peyğəmbərin əmisi oğlu və kürəkəni Əli ibn Əbu Talibin şiəlikdə mərkəzi fiqur kimi seçilməsi də təsadüfi deyildi. Belə ki, Əli ilə düşmənçilik edən ilk üç xəlifə – Əbu Bəkr, Ömər və Osman eyni zamanda iranlıların qatı düşməni hesab olunurdular, çünki məhz onların hökmranlığı dönəmində Sasanilər dövlətinin mövcudluğuna son qoyulmuşdu. Bu mənada iranlıların nəzərində Əli ərəb mənşəyinə baxmayaraq sonuncu Sasani hökmdarı ilə birlikdə ərəblərin şiddət və özbaşınalığından haqsız yerə zərər çəkmiş şəxsiyyət idi. Ən əsası isə iranlıların imam Əliyə olan rəğbətinin başlıca səbəbi onun ikinci oğlu, şiələrin böyük ehtiramla yanaşdıqları imam Hüseynin sonuncu Sasani hökmdarı III Yezdəgirdin qızı ilə evli olmasıydı. Bu səbəbdən Hüseyn iranlılar üçün təkcə xilafətdə ali hakimiyyətə qanuni haqqı olan Məhəmməd peyğəmbərin nəvəsi deyil, həm də Sasani taxt-tacının varisi və İranın islamaqədərki ənənələrinin davamçısı idi. Məlum olduğu kimi, şiə təliminə əsasən yalnız Əli və onun birbaşa varisləri olan imamlar dünyanın bütün müsəlman icmasına rəhbərlik etmək üçün müstəsna hüquqa malikdirlər.
Əhməd bəyin fikrincə, iranlılar Sasanilər sülaləsinin bütün hüquqlarını Əlinin əsas varisi olan imam Hüseynə ötürməklə İranın milli və dini simvolu olan şiəlik təlimini yaradıblar. O bundan çıxış edərək göstərirdi ki, hər bir şiə ilk növbədə iranlıdır, çünki İran kimliyinin təzahürü olan şiə doktrinası mahiyyət etibarilə İranın islamaqədərki tarixi ünsürlərinin daimiliyi və davamlılığı haqqında baxışları təcəssüm etdirir.
Məruzənin sonunda Ağaoğlu bu nəticəyə gəlirdi ki, şiəliyin yaranması iranlıların yadelli ərəblərin yeni dini qarşısında tam təslim olmaq istəməməsindən qaynaqlanırdı. Bu mənada şiəlik İranın milli dini, eyni zamanda ərəblər tərəfindən məğlub edilmiş, lakin sonadək ram olunmamış iranlı ruhunun ifadəsi idi. Ərəblərin islam dünyasındakı dominantlığına qarşı iranlıların təbii özünüqoruma reaksiyası olan şiəlik eyni zamanda ərəb hegemonluğuna qarşı mücadilədə onların əsas ideoloji silahı idi.
Parisdə təhsil aldığı illərdə Ağaoğlu İran tarixi və mədəniyyətinə nə qədər böyük rəğbət bəsləsə də, bu dönəmdə belə o, doğma torpağını ürəkdən sevən və bütün vücudu ilə ona bağlı olan bir insan olaraq qalırdı. Onun 1892-ci ilin sentyabrında şərqşünasların beynəlxalq konfransında iştirak etmək məqsədilə Londona ikihəftəlik səfəri zamanı qələmə aldığı və Tiflisdə nəşr olunan «Kavkaz» qəzetində işıq üzü görən yol qeydləri bunun əyani sübutudur. Belə ki, Britaniya paytaxtının görməli yerləri ilə tanış olan Əhməd bəyin gözləri önündə ilk növbədə doğma Şuşanın mənzərələri canlanırdı. Bu baxımdan Londonun dünya şöhrətli Hayd Parkının onda yaratdığı təəssürat xüsusilə maraqlıdır. O yazırdı: «Budur, bu da Hayd Park. Özünü elə bil Şuşada, Topxanada, ya da köhnə dustaqxananın yanındakı erməni bulvarında hiss edirsən. Budur, dəstə-dəstə azərbaycanlı və erməni avaraları gözlərim önündə canlanır. Onlar Tuman xanın fantastik sərgüzəştlərindən dastanlar, ya da imam Əlinin şərəfinə qəsidələr oxuyan bir aşığın, yaxud dərvişin dövrəsinə yığışıblar…»
Ağaoğlu Britaniya paytaxtının tarixi və memarlıq abidələri ilə bərabər, elm ocaqları və universitetlərinə də xüsusi maraq göstərirdi. 1892-ci il sentyabrın 9-da konfrans iştirakçılarının Britaniya Muzeyinə birsaatlıq qısa ekskursiyası zamanı onu burada ən çox valeh edən Şərq dillərindəki əski və nadir əlyazmalar olmuşdu. Məruzəçisi olduğu konqres bitdikdən sonra Britaniya Muzeyinin İran və semit bölmələri rəhbərlərinin razılığı ilə Əhməd bəy bir həftə ərzində buradakı əlyazmalarla daha yaxından tanış olmaq imkanı qazanmışdı. O etiraf edirdi ki, Türkiyə, İran, Misir, Hindistan və digər Şərq ölkələrindən gətirilmiş əlyazmaların sayı və orijinallığına görə dünyanın heç bir kitabxanası Britaniya Muzeyi ilə rəqabət apara bilməz.
Ağaoğlu Britaniyada olduğu zaman baş çəkdiyi Kembric və Oksford universitetlərini də böyük həyəcanla təsvir edirdi. O, «mühitdən uzaq, əlahiddə fəaliyyət göstərən» bu elm ocaqlarında təhsil almaq və elmi araşdırmalarla məşğul olmaq üçün ideal bir şəraitin yaradıldığını vurğulayırdı. Bu da, onun fikrincə, tələbə və professor-müəllim heyətinə, gündəlik məişət problemlərinin həllinə əlavə vaxt və enerji sərf etmədən bütün səylərini təhsil və elmi tədqiqatlara yönəltməyə imkan verirdi.
Parisdə təhsil aldığı illərdə Əhməd bəy həmçinin Qərb cəmiyyətinin həyatını uşaqlıqdan yaxşı tanıdığı Şərqin gündəlik praktikası ilə müqayisə edərək onlardan hər birinin müsbət və mənfi cəhətlərini müəyyənləşdirməyə çalışırdı. Bu baxımdan Parisdəki həyat Əhməd bəyə yalnız Qərbi anlamaq yox, həm də Şərqi yenidən kəşf etmək imkanı verirdi.
1889-cu ildə Parisdə keçirilən