Bundan sonra Qara Sunqur Sultan Məsudun hakimiyyətini möhkəmləndirmək üçün hərəkətə keçdi. Nəticədə sultanın əsas düşmənlərinə, o cümlədən, Abbasi xəlifəsi Müstərşidə ağır zərbə vurdu və onların İraq Səlcuqlu hökmdarı üzərində təsirini aradan qaldırdı. Bu xidmətlərinin müqabilində isə sultan tərəfindən atabəy əl-əzəm (böyük atabəy) elan edildi. Tezliklə Qara Sunqur dövlətin bütün idarəsini öz əlində cəmləşdirdi. Faktiki olaraq Aranın hakimi olsa da, İraq Səlcuqlu dövlətində sultandan sonra ikinci söz sahibinə çevrildi. Sultan Məsudun Xəlifə Müstərşid ilə döyüşdə əsir aldığı Baranquş, Çavlı Candar kimi böyük əmirlər də onun tabeliyinə verildi. İraq Səlcuqlu torpaqlarında hər hansı üsyan baş verdiyi zaman buna ilk olaraq Qara Sunqur müdaxilə edirdi. İstər Böyük Səlcuqlular, istərsə də İraq Səlcuqlular dövlətlərinin tarixi boyunca belə geniş səlahiyyətlərə Qara Sunqurdan əvvəl heç bir atabəy sahib olmamışdı. O hətta sultanın təyin etdiyi məmurları vəzifəsindən azad etdirməyə qadir idi. Bu da səbəbsiz deyildi: Məsud böyük atabəyə hədsiz etimad göstərir və fikirləri ilə hesablaşırdı. Öncə Fars hakimi Məngüparsın qiyamını yatıran, ardınca Abbasi taxtına oturan yeni xəlifə ər-Raşidini zərərsizləşdirən Qara Sunqur bu uğurlarından sonra İraq Səlcuqlu dövlətinin gerçək idarəçisi oldu. Bu isə bir müddət sonra Sultan Məsudu narahat etməyə başladı. Özü hökmdar olduğu halda dövlət üçün əhəmiyyətli qərarları Qara Sunqurun verməsi sultanın ürəyincə deyildi. Çünki bu onun nüfuzuna xələl gətirirdi.
1138-ci ilin noyabrında Sultan Məsud İraq Səlcuqlu sultanlığının vəziri Əbül-Bərəkəti edam etdirdi. Əbül-Bərəkəti həmin vəzifəyə əmisi Sultan Səncərin istəyi ilə təyin edilmişdi. Məsud edam qərarının böyük sultana qarşı üsyan olmadığını göstərməyə məcbur idi. Bu səbəbdən Səncərin yanında xidmət edən və onun xəzinədarı33 olan Rey valisi Kəmaləddin Məhəmmədi yeni vəzir təyin elədi. Kəmaləddin Məhəmməd etibarlı, ədalətli və dürüst adam idi. Hətta xəzinədar olduğu illərdə dövlət daxilində rüşvət və yeyinti hallarını ortaya çıxarmış, bununla da dövlət gəlirlərinin artmasına səbəb olmuşdu. Çox keçmədi ki, yeni vəzirin dürüstlüyü Sultan Məsudun ətrafında toplanmış əmirləri narazı salmağa başladı.
Məsələ burasındadır ki, Kəmaləddin Məhəmməd vəzir olduqdan sonra sultana mərkəzi hakimiyyətin gücləndirilməsini məsləhət gördü. Bunun üçün isə birinci növbədə əmirlərin dövlət və saraydakı təsiri azaldılmalı idi. Vəzirin aldığı tədbirlərə qarşı ilk reaksiya Aran hakimi Qara Sunqurdan gəldi. Qara Sunqurun sultan üzərində böyük güc və təzyiq sahibi olduğunu görən vəzir onu atabəy haqqında xəbərdar eləmişdi: «Qara Sunqurun varlığı sultana öz gücünü və nüfuzunu hiss etdirməyə imkan verməyəcəkdir». Məsud vəzirin bu fikri ilə razılaşdı və onlar gizlicə Fars hakimi Boz-Apanı Həmədana dəvət edərək Qara Sunquru ortadan qaldırmaq qərarına gəldilər. Lakin saray məmurları bu xəbəri Qara Sunqura çatdırdılar. Həmin vaxt Azərbaycanda olan böyük atabəy dərhal hərəkətə keçdi: İraq Səlcuqlu taxtının iki iddiaçısı – Səlcuqşah və Davudu da özü ilə götürüb 20 minlik ordu ilə Həmədan qapılarına qədər gəldi. Şəhərə hücüm etməmişdən əvvəl o, Sultan Məsuda belə bir təklif yolladı: «Ya vəzirin başını göndər, ya da biz başqa sultana xidmət edərik».
Qara Sunqurun kifayət qədər güclü atabəy olduğu bir daha təsdiqini tapdı: çarəsiz vəziyyətdə qalan sultan başqa çıxış yolu tapmayıb vəzirin başını Qara Sunqura göndərdi. Bunun ardınca isə böyük atabəy öz vəziri İzzəlmülkün İraq Səlcuqlu sultanlığının vəziri təyin edilməsinə nail oldu. Bu, Qara Sunqurun Sultan Məsudu tamamilə öz iradəsinə tabe etdirməsinin əlaməti idi. İzzəlmülkün vəzirliyi zamanı İraq Səlcuqlu dövlətinin nizam-intizamı bütünlüklə dağıldı. Mənbələr onun dövründə «əmirlərin öz-özlərinə iqta verəcək qədər» özbaşınalıq etdiklərini yazır. Qara Sunqurun təsiri altına düşən Məsud hətta qardaşı oğlu Davudu özünə vəliəhd təyin eləməli olmuşdu. Lakin hadisələrin sonrakı gedişi bu planı puça çıxardı: bir müddət sonra ismaililər şahzadə Davudu öldürdülər.
Böyük atabəydən asılı vəziyyətə düşən Sultan Məsud müstəqil hərəkət edə bilmirdi. Qara Sunqur isə bunun tam əksinə olaraq o dərəcədə rahat davranırdı ki, Fars əyalətinə hücum çəkdi, oranı əyalət hakimi Boz-Apanın əlindən alıb şahzadə Səlcuqşahın iqtası elan etdi. Sultan böyük atabəyin bu hərəkəti qarşısında, sadəcə, susmaqla kifayətləndi. Lakin bir qədər sonra Qara Sunqurun Azərbaycana qayıtmasından istifadə edən Boz-Apa yenidən Fars əyalətini ələ keçirib Səlcuqşahı məğlubiyyətə uğratdı. Bununla da kifayətlənməyib onu zindana saldırdı. Sultan Məsud isə Atabəy Qara Sunqurun qorxusundan ölkəsində baş verənləri kənardan izləməklə kifayətləndi. Bir müddət sonra taxtın əsas namizədlərindən olan Səlcuqşah öldürüldü. Sultan Məsud həmin xəbəri sevinclə qarşıladı. Qara Sunqur isə şahzadənin qətli barədə eşidib «bir daha heç kimin atabəyi olmayacağına» and içdi. Ardınca isə Bərcusərdə doğru hərəkət elədi. Elə bu zaman Gəncədə böyük bir zəlzələnin meydana gəldiyini öyrəndi. Sürətlə Arana hərəkət edən Qara Sunqur, zəlzələ nəticəsində yaranmış qarışıqlıqdan faydalan qıpçaq-abxazların Gəncəyə hücumunun qarşısını almaq niyyətində idi.
Gəncə ətrafında qıpçaq-abxaz ordularının qarşısına çıxan böyük atabəy onların çoxunu qılıncdan keçirdi və qaçmağa məcbur elədi. Bunun ardınca isə ordusu ilə Fars və Xuzistana yönəldi. Lakin çox keçmədi ki, gürcü-abxazların komandanı Abuleth oğlu Yovanenin Gəncəyə hücum çəkdiyini eşitdi. Yovanenin ordusu zəlzələ səbəbi ilə dağılan şəhərə soxulmaq istəmiş, bu zaman minlərlə insanı öldürmüşdü. Şəhərin divarları arxasında gizlənənlər isə canlarını çətinliklə qurtara bilmişdilər. Baş verənlərdən agah olan Qara Sunqur təcili bölgəyə gəlib gürcü ordusunu məğlubiyyətə uğratdı. Yovanenin döyüşçülərindən qırılanlar qırıldı, sağ qalanlar isə qaçmağa üz qoydu. Gəncəyə daxil olan atabəy zəlzələnin yaratdığı böyük fəlakəti gözləri ilə gördü. Aranın mərkəzi xarabaya çevrilmişdi. Zəlzələ nəticəsində şəhərin yarısı həlak olmuşdu. Mənbələr ölənlərin sayının 230 min nəfərə çatdığını yazırlar. Bunu da deyək ki, onların arasında Qara Sunqurun arvadı və iki oğlu da var idi.
Qıpçaq-abxazlar xarabaya qalmış Gəncəni ələ keçirdikdən sonra şəhərin yaxınlığında eyni adlı yeni şəhər salmağa başlamışdılar. Lakin Qara Sunqur həmin şəhəri yerlə yeksan etdirib köhnə şəhəri bərpa eləmək üçün hərəkətə keçdi. Bunun üçün əmirlərə lazımi tapşırıqlar verdi. O, hər gün şəhəri gəzib görülən işlərə