Одна из заброшенных русских церквей возле Карей. 1996
Между тем и сама Греция переживала тяжелый кризис, связанный с разгромом ее армии в Малой Азии и наплывом оттуда обездоленных беженцев. Правительство размещало эмигрантов преимущественно в Северной Греции и с этой целью конфисковало некоторые метохи (угодья) русских обителей, например обширный метох Андреевского скита под Кавалой (тот самый, которым интересовался царь). Иноки, получавшие доходы и продовольствие от метохов, пробовали протестовать в разных инстанциях, обращаясь к британскому министру лорду Керзону, в 1923 году, и в Лигу Наций, в 1928 году, но безуспешно.
Принудительное «огречивание» и различные ущемления углубляли недовольство русских монахов новой властью. Во время Второй мировой войны афониты, выходцы из России, видели в немцах, оккупировавших Грецию, борцов с большевизмом, и это привело к случаям коллаборационизма. Салоникский трибунал в 1945 году постановил за это ущемить в гражданских правах группу болгарских и русских монахов; существует, впрочем, мнение, что этот судебный процесс был составной частью общей политики эллинизации.
Утратив какую-либо поддержку на прежней родине и не найдя ее на родине новой, русские афониты стали искать покровителей в других странах, в первую очередь в Сербии, которая действительно не оказалась безучастной к их тяжелому положению: им, например, был разрешен там сбор средств. Конечно, взоры афонцев обращались и к русской диаспоре, как к оседлой (например, в Карпатской Руси), так и ко вновь образованной. До Второй мировой войны, когда эмигранты сами боролись за выживание, эта помощь была большей частью исключительно моральной. После войны, в 1950–1960-е годы, когда эмигрантские структуры, включая церковные, окрепли, поддержка стала ощутимее.
В 1956 году русскую диаспору взволновало отчаянное письмо нескольких афонитов с рассказом о бедствиях и притеснениях. В результате во Франции, в кругах, близких к Архиепископии православных русских церквей в Западной Европе (Константинопольский Патриархат), возникла Ассоциация друзей Афона. Резонанс достиг и Греции: настоятелям трех крупнейших русских обителей пришлось письменно опровергать послание, заявляя о своей вполне благополучной жизни.
Однако поддержки эмигрантов и славянских стран было мало: русская жизнь на Афоне затихала.
Наименее защищенными оказались насельники малых обителей – калив и келлий. Они зависели от «господствующих» монастырей, на землях которых проживали, и зависели не только юридически, но и экономически. Общеафонский кризис, наступивший в 1920-х годах, – ему могли как-то противостоять большие монастыри – в первую очередь сказался на русских келлиотах и каливитах. В конце XIX века эти святогорцы основали Братство русских обителей, с целью взаимопомощи. Русское правительство, через консульство в Салониках и посольство в Стамбуле, оказывало всяческую поддержку новому афонскому явлению.