В устранении конфликта участвовали и российские дипломаты, организовавшие проверку паспортов монахов и выявившие нарушения правил, касавшихся проживания российских подданных за границей. Об этом, как еще об одном основании строгих мер, было объявлено, что породило среди греков слухи о «преступниках в рясах».
Следующий год, 1914-й, принес новые беды. В результате Первой мировой войны Афон оказался полностью отрезанным от России. Прекратилась финансовая помощь от правительства в лице Св. Синода и частные пожертвования, пресекся обильный поток пилигримов, стало невозможным посылать на родину монахов за покупкой продовольствия, собственность обителей на турецкой территории (крупные подворья в Стамбуле) была конфискована, а сами подворские монахи арестованы.
Изображение больницы при Пантелеимоновом монастыре на открытке начала XX века
Кроме того, русское правительство в 1914–1915 годах мобилизовало на фронт часть русских насельников, преимущественно из числа послушников. Это, кстати, сформировало среди греков мнение, что Россия посылала на Афон для его русификации солдат, переодетых в монахов.
Война наложила отпечаток и на внутреннюю афонскую историю: в 1914 году тут произошли стычки между насельниками русского и болгарского монастырей (Россия и Болгария оказались в разных военных лагерях), в то время как некоторые греческие монахи помогали немцам, в частности экипажам подводных лодок.
В обителях начался голод. Отчаянные попытки добыть продовольствие успехом не увенчались. К числу драматических эпизодов следует отнести гибель в октябре 1917 года так называемого александрийского груза. Он состоял в основном из зерна, купленного в складчину в Египте русскими обителями. Знаменательно, что гибель продовольствия, утонувшего в Эгейском море на глазах у монахов, тут расценили как Божие наказание за проведенные в Пантелеимоновом монастыре молебствия о даровании победы Временному правительству.
В России шла Гражданская война, но афонское иночество, порицая, естественно, большевизм, от каких-либо политических выступлений воздерживалось. Так, в 1919 году на письмо преосвященного Анастасия (Грибановского) с призывом «подать свой голос в защиту угнетенного большевизмом народа» настоятели трех крупнейших обителей ответили, что «едва ли в данном случае найдемся в состоянии произнести влиятельное слово к вразумлению наших соотечественников».
Между тем в России утвердилась новая власть, враждебная к Церкви и монашеству. Рассчитывать на какую-нибудь помощь с родины уже не приходилось. Были национализированы вклады в банках, с которых на Афон поступали проценты, закрыты российские подворья, оказывавшие материальную поддержку, напрочь оборвалось паломничество.