Необходимо было искать новые пути выхода из создавшегося положения. И они были найдены. В 1995 г. ученый совет утвердил учебные планы по 12 специализациям с присвоением новой квалификации – экономист. На Экономическом факультете впервые в аграрных вузах России была введена подготовка бакалавров (с 1996 г.) и магистров (с 1999 г.).
Факультет становится участником международной программы «Темпус-Тасис» по совершенствованию подготовки экономистов-аграрников и открывает еще одно направление подготовки специалистов – «Аграрная экономика». В этом же году открывается вечернее и заочное обучение на контрактной основе по специальностям «Экономика и управление аграрным производством», «Бухгалтерский учет и аудит», а также по второму высшему образованию. В составе факультета создается хозрасчетный Учебно-консультационный и Научно-производственный центры, что создавало дополнительные условия для развития факультета.
Остается лишь добавить, что руководство факультетом в этот непростой для страны и вуза период осуществляли А. П. Зинченко (1988—1994), В. А. Удалов (1994), В. С. Филимонов (1995—1999, впоследствии проректор и ректор академии), В. И. Еремин (1999—2003).
НУЛЕВЫЕ: ЭКОНОМИЧЕСКИЙ ФАКУЛЬТЕТ ИМЕНИ А. В. ЧАЯНОВА И ФАКУЛЬТЕТ ЭКОНОМИКИ И ФИНАНСОВ
В 2000-е годы экономическое образование в РГАУ-МСХА осуществлялось на двух факультетах: Экономический факультет имени А. В. Чаянова и Факультет экономики и финансов.
Главной задачей Экономического факультета считалась подготовка для страны высококвалифицированных специалистов, бакалавров и магистров менеджмента и экономики на основе сохранения и приумножения существующих традиций, а также подготовка профессионалов для государства и бизнеса, способных к инновационной деятельности в социальной и научно-технической сферах. Миссия факультета была заявлена как «обеспечение лучшего экономического образования среди российских вузов». Для этого на факультете особое внимание уделялось знанию иностранных языков, владению информационными технологиями, использованию активных методов обучения.
Факультет активно участвовал в европейском процессе интернационализации образования и гармонизации программ обучения, студенческой и преподавательской мобильности, что обеспечивало студентам и преподавателям возможность повысить языковую подготовку и профессиональный уровень, совершенствовать на инновационной основе существующие и создавать новые программы обучения.
Руководство факультетом в этот период осуществляли А. М. Гатаулин (2003—2004), А. И. Филатов (2005—2009), Р. Г. Ахметов (2009—2011), Н. В. Акканина (2011—2013), О. И. Пантелеева (2013), Н. Г. Володина (2013), В. М. Кошелев (2013), В. И. Тинякова (2013—2014).
Факультет вел подготовку специалистов по двум