Она вызвала к себе Гизов и разрешила им обратить свои мечи против гугенотов, чего католики добивались уже давно. Через несколько дней после венчания Маргариты Валуа и Генриха Наваррского, в ночь святого Варфоломея, и произошла знаменитая кровавая резня. По-видимому, в глубине души Екатерина, как хитрый и коварный политик, надеялась, что вожди обоих лагерей перережут друг друга, но католики оказались сплоченнее.
Гвардейцы короля ворвались в спальню Колиньи, убили его и выбросили тело из окна. Раздавшийся одновременно с этим убийством звон колокола явился условным знаком к началу резни гугенотских лидеров, большинство из которых погибли в собственных кроватях. Свежеиспеченный католик Генрих Наваррский был поставлен перед выбором – между смертью, пожизненным заключением и переходом в католицизм. Он решил стать католиком, после чего ему предложили остаться в комнате для его же собственной безопасности. Все гугеноты внутри и вне Лувра были убиты, a те, кому удалось бежать на улицу, были застрелены ждавшими их королевскими стрелками. Парижская резня продолжалась почти неделю, распространившись по многим провинциям Франции, где беспорядочные убийства продолжились. По словам историка Жюля Мишле, «Варфоломеевская ночь была не ночью, а целым сезоном». В ночь с 23 на 24 августа 1572 года только в одном Париже погибло от 5 000 до 30 000 человек. 29 сентября, когда Генрих Бурбон встал на колени перед алтарем как добропорядочный католик, Екатерина повернулась к послам и засмеялась. С этого времени ведет свое начало «черная легенда» о Екатерине, злой итальянской королеве.
Гугенотские летописцы заклеймили Екатерину как коварную итальянку, которая следовала совету Макиавелли «убить всех врагов одним ударом». Несмотря на обвинения современников в планировании резни, некоторые историки не вполне соглашаются с этим. Тем не менее факт того, что королева-мать знала о готовящихся убийствах, практически неоспорим. Каковы бы ни были причины случившегося кровопролития, которое очень быстро вышло из-под контроля Екатерины и кого-либо еще, но гугенотам был нанесен сокрушительный удар, в результате которого они лишились многих из своих видных предводителей. Это событие стало «самой ужасной религиозной резней столетия», по всей Европе она