Zusätzliche Einnahmen bescherten ihm die Mitarbeit an zwei großen naturkundlichen Werken. Zur achtbändigen Encyclopédie méthodique: botanique steuerte er die ersten drei Bände bei, die 1783 bis 1785, 1785 bis 1786 und 1789 bis 1792 herausgegeben wurden. Gleichzeitig arbeitete er am Tableau encyclpédique et méthodique des trois règnes de la Nature mit. Das sechs Bände umfassende Werk erschien zwischen 1791 und 1823.
Ende der achtziger Jahre des 18. Jahrhunderts änderten sich für ihn die Umstände entscheidend. Zunächst starb 1788 sein Förderer, der Comte de Buffon, dann begann ein Jahr später die Französische Revolution. Sie führte zu grundlegenden Veränderungen, von denen Lamarck profitieren konnte. Auf Beschluss der Nationalversammlung wurden der Jardin des Plantes, die königliche Ménagerie und das königliche Naturalienkabinett 1793 zum Muséum National d’Histoire Naturelle de Paris zusammengeführt. Lamarck wurde zum Professor ernannt und war fortan für die Insekten und Würmer zuständig. Étienne Geoffroy de Saint-Hilaire (1772–1844) übernahm die Zuständigkeit für die Säugetiere, Vögel, Reptilien und Fische. Es ist viel darüber spekuliert worden, warum der durch seine Arbeiten ausgewiesene Botaniker nicht in seinem Fachgebiet zum Zuge kam. Die Animaux sans Vertèbres, die wirbellosen Tiere, wie er die ihm zugeordneten Tiergruppen zusammenfasste, waren ihm nicht völlig fremd, da er ein ausgewiesener Kenner und Sammler von Muscheln war. Das von ihm erwartete zusammenfassende Werk über diese Tiergruppe erschien allerdings nie, trotz gegenteiliger Beteuerungen seinerseits.
Mit seiner Anstellung als Professor erhielt Lamarck so etwas wie einen Traumjob: eine gut dotierte, sichere Anstellung und die Freiheit von Forschung und Lehre. Er hielt gut besuchte Vorlesungen, ordnete die in seiner Abteilung zusammengekommenen Sammlungen und schrieb bedeutende Bücher.
Das erste Werk in seiner neuen Position war eine ordnende Zusammenfassung des Wissens über »seine« Tiergruppen. Système des animeaux sans vertèbres erschien erstmals 1801. Er arbeitete und publizierte weit über sein eigentliches Fachgebiet hinausgehend. Die Themen seiner Veröffentlichungen und zusammenfassenden Bücher reichen von der Physik, der Chemie und der Geologie bis hin zur Meteorologie. Anerkennung und Beachtung fand er jedoch im Wesentlichen nur auf dem Gebiet der wirbellosen Tiere.
Ganz im Sinne seines verstorbenen Gönners Buffon, hielt er kritische Distanz zu den Schriften Linnés und versuchte die Vielfalt der existierenden sowie der nur fossil überlieferten Lebensformen entwicklungsgeschichtlich zu interpretieren. Seine Untersuchungen zur fossilen Weichtierfauna des Pariser Beckens leiteten ihn zu der Überzeugung, dass Arten sich im Laufe der Zeit weiter entwickeln und höhere Organisationsstufen erreichen. Dabei spielen Einflüsse aus der Umwelt der Tiere eine entscheidende Rolle. Umfassend legte er diese Gedanken 1809 in seinem Buch Philosophie zoologique vor. Die Transformationstheorie geht allerdings von der falschen Ansicht aus, dass Leben spontan entstehen kann und sich dann zu höheren Lebensformen entwickelt. Die Höhe der Entwicklungsstufe einer Art wäre folglich das Abbild ihres geologischen Alters. Der Mensch als höchstentwickelte Lebensform müsse daher auch die älteste sein. Das Buch fand jedoch nicht die von ihm erhoffte Anerkennung. Vielmehr sah er sich nun zunehmend missverstanden und verfolgt. Verbittert zog er sich mehr und mehr zurück.
Die Histoire Naturelle des Animaux sans Vertèbres bildete den krönenden Abschluss seines wissenschaftlichen Schaffens. Die siebenbändige Ausgabe erschien ab 1815 und war 1822 abgeschlossen.
Als seine Professur 1818 endete, war er vollends zum schrulligen Außenseiter und Einzelgänger geworden. Erblindet und mittellos starb er von der Öffentlichkeit weitgehend unbeachtet am 28. Dezember 1829 in Paris. Lamarck war viermal verheiratet und Vater von sechs Kindern.
Mit seiner Transformationstheorie nahm er die Evolutionstheorie von Darwin und Wallace nicht vorweg, obwohl er darin, ausgehend von spontan entstandenen einfachsten Lebensformen die allmähliche Entwicklung zu immer komplexeren Wesen postulierte. Abgesehen davon, dass er den Entwicklungsprozess nicht plausibel erklären konnte und in seiner möglicherweise gegebenen »Hilflosigkeit« dann von der Vererbung erworbener Eigenschaften sprach, ist es die von ihm zum Prinzip erhobene Zielgerichtetheit der Entwicklung, durch die sich seine Transformationstheorie von der Evolutionstheorie unterscheidet. Den von Lamarck postulierten Trieb zur Vervollkommnung ersetzt die Evolutionstheorie durch das zufallsgesteuerte Wirken von Mutation und Selektion. Dennoch betonte Charles Darwin, dass er sich mit dem Werk Lamarcks intensiv auseinander gesetzt hat.
Werke
Lamarck, J.-B. P. A. de, 1779: Flore Francaise ou descriptions succinctes de toutes les plantes qui croissent naturellement en France, disposées selon une nouvelle methode d’analyse, et precedees par un expose des principes élementaire de la botanique. Paris, 2.600 S.
Lamarck, J.-B. P. A. de, 1801: Système des animaux sans vertèbres ou tableau géneral des classes, des ordres et des genres de ces animaux. Paris, 432 S.
Lamarck, J.-B. P. A. de, & Candolle, A. P. de, 1806: Synopsis plantarum in flora Gallica descriptarum. Paris, 432 S.
Lamarck, J.-B. P. A. de, 1809: Philosophie Zoologique ou Exposition des considérations relatives à l’histoire naturelle des animaux. Paris, 2 Bde., ca. 800 S.
Lamarck, J.-B. P. A. de, 1815–22: Histoire Naturelle des Animaux sans Vertèbres: présentant les caractères généraux et particuliers de ces animaux, leur distribution, leurs classes, leurs familles, leurs genres et la citation des principales espèces qui s’y rapportent: précédée d’une introduction offrant la détermination des caractères essentiels de l’animal, sa distinction du végétal et des autres corps naturels, enfin, l’exposition des principes fondamentaux de la zoologie. Paris, 6 Bde., ca. 4.000 S.
Lamarck, J.-B. P. A. de, Mirbel, B., Brisseau, Ch.-F. de & Buffon, G. G. L. L. Comte de, 1830: Histoire naturelle des Végéteaux classées par Familles. Paris, 15 Bde., ca. 6.500 S.
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