Так из пустынника, созерцателя, Сергий вырастал в общественного деятеля и готовился неисповедимыми путями к роли государственной. Росла с ним и его Обитель, которой было суждено сыграть огромную историческую роль по распространению духовной культуры и укреплению Государства Русского.
С увеличением числа братии начала ощущаться потребность введения более определенных и твердых правил, явилась нужда в игумене. Но несмотря на усиленные просьбы братии быть среди них игуменом, Сергий непреклонно отказывался, говоря: «Желание игуменства есть начало и корень властолюбия». Это нестяжание власти красной нитью проходит во всей его жизни. И тогда, по просьбе Сергия, первым игуменом Св. Троицкой Обители стал тот самый старец Митрофан, который постриг его в монашество. Только после скорой кончины этого старца, уступая просьбам и даже уговорам братии разойтись и нарушить обет свой, ибо как говорили они: «Ты дашь ответ нелицеприятному Судии – Богу. Мы ради тебя, услышав о добродетели твоей, возложив на тебя все упование, оставили все в мире и водворились по твоему согласию на месте сем…», Сергий отправился наконец с двумя старейшими братьями к епископу Афанасию в Переславль-Залесский. Но в Переславле уже слышали о подвигах Преподобного, и Святитель Афанасий весьма обрадовался, увидав Сергия, и без колебания повелел ему принять игуменство. Тут же поставил его в иподиаконы и в иеродиаконы и на другой же день облек во священство. А в день следующий Преподобный с глубоким умилением и духовным подъемом впервые служил литургию. Отпуская его, епископ Афанасий напутствовал: «Должно тебе, возлюбленный, немощи немощных нести, а не себе угождать… друг друга тяготы нести и тако исполните закон Христов…»
Можно представить, с какой радостью братия встретили нового игумена, своего давнего наставника. Приняв игуменство, Сергий ничего не изменил в обращении своем с братией, ни в своей труженической жизни, лишь принял большую ответственность. Так же, как и раньше, нес он все работы и служил братии, «как раб купленный», и одежду носил ветхую и покрытую заплатами, так что трудно было различить, кто был старший из них и кто младший, ибо Преподобный с самых первых дней воплотил в образе своем завет первенства, указанный Христом: «Кто хочет между вами быть первым, да будет всем слугою».
В первые годы существования Обители ощущалась сильная скудность и недохватки. «Все худостно, все нищетно, все сиротинско, – как выразился один мужичок, пришедший в Обитель Преподобного повидать прославленного и величественного игумена. –