В июне 1863 г., получив отпуск, единственный раз за более чем 40-летнее пребывание на Востоке, Антонин побывал на родине, в Батурино. В мае-июне 1865 г. он отправился в научную поездку по балканским провинциям Османской империи (Македония, Фессалия, Эпир), из которой его вызвала телеграмма посла Игнатьева. Его ждало новое назначение – в Иерусалим.
Еще в юношеских мечтах, собираясь только в Киевскую Духовную Академию, он «думал о Киеве, как о счастии другого мира, ему казалось, что за Печерскою картиною скрывается другая, и не одна, – далее ее, лучше ее, таинственнее, – что Киев есть только перепутье в Иерусалим – в рай»[34]. Однако Иерусалим того времени был мало похож на эдемский сад.
Руководство русскими учреждениями в Палестине в середине XIX в. осуществлялось параллельно и не всегда согласованно двумя различными ведомствами – Министерством иностранных дел и Святейшим Синодом. Приезду архимандрита Антонина в сентябре 1865 г. предшествовала целая серия склок, скандалов, нестроений в отношениях между Миссией, консульством и Палестинской Комиссией. Весной 1864 г. Иерусалим покинул в результате затяжного конфликта с консульством глава Русской Духовной Миссии епископ Кирилл (Наумов) – доктор богословия, бывший профессор и инспектор Петербургской Духовной Академии. И постарался об этом консул А.Н. Карцов – замечательный дипломат, которого все – и в Министерстве, и, особенно, посол Игнатьев, считали человеком способным и перспективным. Столкновение интересов Церкви и интересов светски ориентированного дипломата было неизбежно. Карцов не нашел другого применения своим дипломатическим талантам, как интриговать против… Русской Духовной Миссии и ее начальника, добиваясь того, чтобы епископа Кирилла отозвали из Иерусалима. Менее чем через год (в 1865 г.) вынужден был оставить свой пост и присланный на замену епископу Кириллу архимандрит Леонид (Кавелин) – тоже не случайное лицо в истории русского монашества, гвардейский офицер, постриженник знаменитой Оптиной пустыни, церковный историк и писатель, позже настоятель Новоиерусалимского Воскресенского монастыря и наместник Троице-Сергиевой