После этого Ганза продолжала вмешиваться в дела остальных государств. Оказав помощь датчанам в избавлении от непопулярного короля и замене его Фредериком I (его же дядей), спустя десять лет Любек полностью и вполне обоснованно изменил политический курс. После смерти Фредерика Любек решил поддержать ранее свергнутого Кристиана II в попытке вернуть трон. Под руководством бургомистра Любека Юргена Вулленвевера Ганза поддержала бывшего короля против его соперника, сына Фредерика, будущего Кристиана III. Бургомистр, надеясь на получение части датских зундских пошлин, в начале 1534 г. отправил армию в Гольштейн, откуда она в следующем июне двинулась на взятие Копенгагена. Эта агрессивная политика, уже встретившая сопротивление других городов Ганзы, подстегнула Кристиана III к действию, и разразилась свирепая гражданская война. Во время этой войны – «Графской распри» – некоторые сторонники Кристиана II, оборванные крестьяне, жестоко мстили дворянству, нападая на людей и разграбляя или разрушая господские дома. К ноябрю того же года Кристиан III победил войска Вулленвевера в Гольштейне и смог убедить Любек временно согласиться на мир, но через шесть месяцев война возобновилась, и в июне 1535 г. флот Любека был разбит в водах Борнхольма. Это бедствие вскоре привело к отставке бургомистра. В следующем году, через два месяца после окончания военных действий, Кристиан III вошел в Копенгаген и был официально признан королем Дании.
После избрания Юргена Вулленвевера одним из бургомистров города он занимал эту должность в течение двух лет. То был период волнений, вызванный Реформацией, которая началась с первого протеста Лютера в 1517 г. Вулленвевер, сторонник религиозного учения Лютера, решил, вопреки желанию католической церкви, распространить новую веру в своем городе. Это только усилило враждебность его более честолюбивых коллег, которые уже были категорически против его планов введения большей демократии в городском совете. Более того, вдобавок к проблемам бургомистра, Любек, хотя и был одним из крупнейших городов того времени с населением порядка 25 тысяч человек, теперь начал терять прежний статус. Кризис был вызван злополучным решением Вулленвевера вмешаться в бьющую по карману и разрушительную гражданскую войну в Дании. Теперь, сознавая свою неудачу, Вулленвевер ушел в отставку и покинул город, а его совет был распущен. Вернулись его предшественники, которые поставили целью усиление власти