На протяжении всего этого периода было широко распространено пиратство с опорными пунктами в таких городах, как Росток и Висмар, откуда люди отправлялись грабить проходящие корабли или атаковать местные прибрежные города. Маргрете страдала от этих нападений, но от Ганзы почти совсем не получала помощи, поскольку некоторые из участников видели в Дании основного конкурента. Одними из самых диких и успешных флибустьеров (разбойников) были витальеры, или виталийские братья, которые из поставщиков провизии превратились в отъявленных головорезов. Они представляли серьезную угрозу, напав на остров Борнхольм в 1391 г., разорив Берген в 1393 г., а в следующем году захватив Готланд. Позже они разместили свой лагерь в Висбю и продержались там в течение четырех лет. В конце концов рыцари Тевтонского ордена при поддержке некоторых ганзейских городов отправились на 84 кораблях из Данцига, и после осады города им удалось прогнать пиратов и занять место для себя. Десять лет спустя тевтонские рыцари продали сильно разрушенный ими Висбю обратно Кальмарской унии.
Хотя Ганза временами довольствовалась тем, что пираты нападали на их соперников, в ряде случаев они отдавали себе отчет в неблагоприятном влиянии виталийских братьев на ее дела, поэтому в 1401 г. флот Гамбурга разгромил их, взяв в плен около семидесяти витальеров и публично казнив их во главе с харизматичным предводителем Клаусом Штертебекером. По легенде, он получил свое прозвище за способность выпить залпом четыре литра, и его все еще помнят в его родном городе Висмаре. Для некоторых он стал народным героем – это обстоятельство объясняет похищение его черепа из Музея истории Гамбурга. Однако даже после такого разгрома Виталийское братство не успокоилось, и пиратство продолжалось вплоть до 1440-х гг.
Маргрете внезапно умерла в 1412 г. во время визита на фьорд Фленсборг, который сегодня представляет собой границу между Данией и Германией. Выдающаяся женщина, она была регентом 36