На восточной границе Туркестана в 1864-1878 гг. Синьцзян (Восточный Туркестан) отделился от Китая, ослабленного восстанием тайпинов. В его части южнее Тянь-Шаня возникло в 1865 году государство Йеттишар (Семь Городов) во главе с Якуб-беком – бывшим комендантом Ак-Мечети (сильнейшей кокандской крепости на Сырдарье, к тому времени взятой российскими войсками). Йеттишар и его незаурядный правитель вызывали определенное беспокойство не столько даже у туркестанского командования, сколько у МИДа в Петербурге. В 1871 году по согласованию с правительством императорского Китая русские войска из Семиреченской области заняли в верховьях реки Или область г. Кульджи и контролировали его десять лет. Лишь в 1881 году по Санкт-Петербургскому договору Илийский край Синьцзяна был возвращен Китаю (государство Якуб-бека было уничтожено китайцами еще в 1878 году). Управление Илийским краем было настолько гуманным и продуманным, что едва ли не большая часть населения ушла с русскими войсками.
На западной (каспийской) оконечности Туркестана нестабильность сохранялась до начала 1880-х гг., а мелкие местные правители и просто главари разбойников продолжали свои традиционные набеги на сопредельные земли, грабежи, пиратство на Каспии, захват невольников, работорговлю. В 1880–1881 гг. в ходе Ахалтекинских экспедиций генерала М. Д. Скобелева туркменские земли были подчинены России. Но, отделенные от Туркестанского генерал-губернаторства территориями Бухары и Хивы, они не могли управляться из Ташкента и потому были переданы в ведение властей Закавказского края. Контроль над Туркменией был установлен не одномоментно: лишь в 1884 году к России присоединился Мерв (Мары). Годом позднее произошло столкновение с афганскими отрядами у Кушки. Войска генерала Комарова одержали победу в этом бою местного значения, и южная граница Русского Туркестана стабилизировалась на широте Кушки. Еще десять лет понадобилось для стабилизации границы края в верховьях Амударьи – реки Пяндж. В 1895 году по договору между Англией и Россией Афганистан вернул Бухаре захваченные ранее районы Памира, и основная часть его отошла под контроль России. Первым Памирским отрядом русской армии командовал капитан В. Н. Зайцев, в прошлом туркестанский адъютант генерала М. Д. Скобелева (впоследствии – в начале ХХ века – начальник Ошского уезда Ферганской области и… тесть капитана А. Е. Снесарева – в свою очередь начальника Памира в 1902 году).
Целый ряд авторитетных специалистов, знакомых со Средней Азией практически и по многу лет, не считали указанное разрешение среднеазиатского вопроса окончательным. Так, генерал Л. Ф. Костенко еще в 1871 году указывал, что логичным было бы дальнейшее продвижение России до Гиндукуша, то есть присоединение Афганского Туркестана с проведением вполне естественной границы народов и зон политического влияния великих держав. «Наша задача, – писал он, – стать хозяевами по сию сторону Гиндукуша»