Следует отметить, что против кокандского господства в первой половине XIX века не единожды восставали за Балхашем казахи Старшего жуза (Большой Орды). После этих неудачных восстаний Семиречье (территория данного жуза) перешло под покровительство России. В 1860 году русские войска и казахские ополченцы вместе защищали от кокандских войск г. Верный, и после победы над кокандцами при Узун-Агач все Семиречье перешло в состав России. Тем самым многовековое соседство России с Казахстаном завершилось его окончательным вхождением в Российскую империю.
Кардинальное решение среднеазиатской проблемы последовало после поражения России в Крымской войне и последующего переноса центра тяжести Восточного вопроса с Ближнего Востока в центр Азии. Глобальная и региональная активность Англии после подавления восстания сипаев и ужесточения колониального режима в Индии повлекли за собой активизацию британской геополитики и в сопредельных странах, которые рассматривались Лондоном в качестве гласиса англо-индийской крепости: в Афганистане, Иране, Синьцзяне и ханствах Средней Азии. Хроническая нестабильность Средней Азии (когда только за г. Ура-Тюбе Бухара и Коканд воевали в первой половине XIX века пятнадцать раз), интриги ханов Хивы и Коканда в Казахстане – для России небезопасные сами по себе – как орудие британской геополитики перерастали в качественно серьезнейшую угрозу. Британский фактор подтолкнул Россию к продвижению в Среднюю Азию из Казахстана. С целью локализации агрессивного Кокандского ханства в 1862 году была занята восточная кокандская крепость Пишпек (ныне Бишкек), в 1863–1864 гг. – Туркестан, Чилик, Аулие-Ата (позднее – Джамбул), в 1865 г. войска генерала Черняева взяли Ташкент (автономную территорию Кокандского ханства) и нанесли поражение бухарским войскам. В следующем, 1866 году были заняты бухарские укрепленные города Ура-Тюбе, Джизак, Ходжент и тем самым Коканд был изолирован от Бухары.
В 1867 году было учреждено Туркестанское генерал-губернаторство во главе со знаменитым реформатором Средней Азии генерал-адъютантом К. П. фон Кауфманом. В 1868 году русские войска заняли и удержали в боях с войсками эмира бухарского крепость и священный город Самарканд – некогда столицу державы Тимуридов, культурный центр Средней Азии. (Самарканд стал центром