По окончании военной кампании Понсе де Леон женился на своей родственнице Леоноре Понсе де Леон, дочери владельца трактира. В браке родились три дочери и сын.
Как и многие соотечественники, Понсе де Леон оказался не у дел после окончания реконкисты. Экспедиции Христофора Колумба открывали Понсе де Леону и другим идальго новые возможности.
Так, в 1493 году, в рамках второй экспедиции Колумба, Понсе де Леон открывает новую страницу своей жизни. В качестве добровольного участника кампании по открытию новых земель Понсе де Леон активно участвует в покорении острова Эспаньолы, проявив настоящий героизм в битве за Вега-Реал.
Вернувшись в Испанию, Понсе де Леон удостоился личной аудиенции католических монархов. Спустя пять лет конкистадор снова плывет в Вест-Индию уже в должности капитана. Губернатор Николас де Овандо поручает своему подчиненному подавить индейские восстания, которые вспыхнули в восточной части острова. В награду за выполненное поручение, католические монархи назначают Понсе де Леона наместником этой территории (восточной части острова Эспаньолы). Леонора Понсе де Леон вместе с детьми прибывает на латиноамериканский континент к мужу, положив начало традиции воссоединения семей.
Управляя вверенными территориями, Понсе де Леон слышит истории о неслыханных запасах золота на острове Пуэрто-Рико. Он делает все возможное, чтобы получить разрешение на исследование новых земель. В 1508 году он получает долгожданные документы и 12 августа вместе с частью гарнизона покидает Игуэй, отправляясь навстречу новым приключениям. В том же году он издает указ об основании нового поселения – Капарра, на месте которого вскоре появится город Сан-Хуан, современная столица Пуэрто-Рико.
Здесь стоит упомянуть о забавном казусе, которая случилась с наименованиями острова и его столицы. Стремясь увековечить свое имя, Хуан Понсе де Леон приказал назвать остров Сан-Хуан в честь своего небесного покровителя, а его столицу – Пуэрто-Рико (букв. «Богатый порт»), поскольку город, будучи единственным портом на протяжении нескольких сотен километров, обещал своим жителям хорошие прибыли. Однако картографы перепутали названия, в итоге остров стал именоваться Пуэрто-Рико, а его столица – Сан-Хуан.
Исследуя новые земли, Хуан Понсе де Леон отдал приказ на всякий случай засеивать их новыми культурами на тот случай, если миссия по поиску золота не увенчается успехом.
Золота экспедиция так и не нашла. Но в награду за исследования новых земель Хуан Понсе де Леон получает новое назначение: он становится губернатором Пуэрто-Рико, что вызвало широкий резонанс как при королевском дворе Испании, так и среди других конкистадоров. Недовольные этим назначением недруги Понсе де Леона приложили все усилия, что он потерял эту должность. Вскоре их старания увенчались успехом.