В восстании, кроме родов Орта жуза, приняли участие роды Киши Жуза – шекти, тама, табын, алшын, шомекей, жаппас и др., роды Старшего жуза – шапырашты, уйсуны, дулаты и др.
В 1840 г. отец Кенесары Касым, был убит кокандским ханом и Кенесары начал вести войну на два фронта – на севере с карательными российскими отрядами, на юге – с Кокандским ханством.
В сентябре 1841 г. на собрании казахской родовой знати и султанов Среднего и Младшего жузов с участием отдельных представителей Старшего жуза Кенесары был избран общеказахским ханом, и по традиции был проведен ритуал на белой кошме.
Он восстановил суд биев, разбиравший дела по нормам шариата. Своей налоговой политикой Кенесары закреплял нормы мусульманского права: для скотоводческих районов сохранил зякет (налог, взимавшийся со скотоводов в пользу хана и султана), для земледельческих – ушур (налог, взимавшийся с оседлого населения).
Кенесары, считал казахские жузы своим наследственным достоянием и следуя заветам деда Аблая, проводил жесткую политику в отношении лояльных царским властям родов и аулов. С внутренними врагами казахский хан разбирался, применяя угрозы уничтожения или уговаривая принять его сторону. Как? Выполнить его требование – откочевать от граничащих с имперскими властями округов [29]. С несогласными жестоко расправлялись.
В 1843 г. Кенесары удалось отразить наступление русских войск и казахских конных отрядов во главе с султаном Ахметом Жанториным и Б. Айчуаковым, которые понеся большие потери, были вынуждены были вернуться в Оренбург и Омск. К 1844 г. ему удалось создать боеспособную армию в 20 тысяч бойцов. Армия была дисциплинированна, сарбазы проходили постоянное обучение военному делу, на вооружение были пушки и ружья, наладили производство пороха, делали попытки отливать пушки. Оружие покупали или добывали в бою.
В 1845 г. Кенесары удалось захватить ряд кокандских крепостей: Жанакорган, Жулек и Созак, а в 1846 г. – крепость Мерке.
В то же время, деспотизм Кенесары вызывал возмущение у народа, начавшего открыто выступать против него. В 1844 г. в аулы рода жаппас приехал брат Кенесары султан Наурызбай с отрядом есаулов и начал взыскивать зякет, отбирать имущество и продукты, захватывать женщин и девушек. Жаппасцы выступили с оружием в руках против произвола султана Наурызбая, поощряемого ханом Кенесары, и стали убивать их сподвижников [30]. В ответ, повстанцы Кенесары за одну ночь вырезали более 500 аулов жаппасов. Долгое время после этого представители многочисленного по тем временам рода жаппас пылали ненавистью к Кенесары, ведь в своё время они были его надёжной опорой в войне против России, выступая в авангарде его войск [28].
Потерпев поражение от Кенесары российское правительство изменило стратегию. В 1845 г. среди кочевий Кенесары были основаны два мощных укрепления: