Ермухан Бекмаханов родился 15 февраля 1915 г. в ауле Жасыбай Баянаульского района Павлодарской области, как пишут в некоторых источниках «в семье кочевника-бедняка». Читать и писать научился в родном ауле. В 11-летнем возрасте поступил в начальную школу поселка Баянаул. Окончив семилетку, Ермухан в 1932 г. в Семипалатинске поступил на годичные курсы по подготовке для поступления в вуз, а в 1933 г. по разнарядке Народного комиссариата просвещения поступил вначале в Тамбовский, затем в Воронежский педагогический институт.
После окончания в 1937 г. Воронежского педагогического института работал учителем истории в средней школе №28 г. Алма-Аты, затем научным сотрудником, а позже директором научно-исследовательского института педагогики (ныне НИИ педагогических наук имени И. Алтынсарина) при Наркомате просвещения Казахской ССР.
В 1940 г. решением Бюро ЦК КП (б) Казахстана Е. Бекмаханов был направлен на учебу в Высшую партийную школу при ЦК ВКП (б) в Москву, где обучался до ноября 1941 г.
В годы Великой Отечественной войны он был начальником управления Республиканского комиссариата народного просвещения, одновременно занимался преподавательской деятельностью в высших учебных заведениях.
В 1946—1947 гг. Е. Бекмаханов – заместитель по научной работе директора Института истории, археологии и этнографии при АН КазССР; с 1947 г. до самой смерти (6 мая 1966 г.) возглавлял организованную им самим кафедру истории Казахстана в Казахском государственном университете.
В конце 1941 г. Бекмаханову представился «счастливый случай» – в Алма-Ату была эвакуирована группа московских и ленинградских историков во главе с член-корреспондентом АН СССР Анной Михайловной Панкратовой (с 1953 г. – академик). В этой группе были профессора Н. Дружинин, А. Кучкин, М. Вяткин и др. Пятеро из них во главе с А. Панкратьевой вместе с казахскими историками в 1943 г. издали однотомник «История Казахской ССР». Ермухан Бекмаханов стал автором 4-й главы этой книги о национально-освободительном движении под предводительством Кенесары Касымова.
Книга вышла благодаря А. Панкратовой, которая направила письмо в Центральный комитет Коммунистической партии Казахстана о том, что всю ответственность за научное и идеологическое содержание будущей книги берёт на себя (журнал «Вопросы истории», №11, 1988 г.).
«История Казахской ССР» стала первым фундаментальным научным трудом по национальной истории в СССР и была выдвинута на соискание сталинской премии. Премию книга не получила, по мнению А. Панкратовой, из-за козней Алексея Яковлева, который был членом-корреспондентом Академии наук СССР и членом Комитета по Сталинским премиям и академика Евгения Тарле, с которым у А. Панкратовой были натянутые отношения.
В 1943 г. Бекмаханов защитил кандидатскую диссертацию.
Анна Михайловна Панкратова добиваясь объективной оценки труда коллектива авторов