Министр США в Сальвадоре встретился с Директоратом и позже признал правительство Мартинеса, которое согласилось провести президентские выборы. Он ушел в отставку за шесть месяцев до переизбрания, выиграв президентство в качестве единственного кандидата в избирательном бюллетене. Он правил с 1935 по 1939 год, затем с 1939 по 1943 год. Он начал четвертый срок в 1944 году, но ушел в отставку в мае после всеобщей забастовки. Мартинес сказал, что будет уважать конституцию, которая предусматривает, что он не может быть переизбран, но он отказался сдержать свое обещание.
С декабря 1931 года, года переворота, приведшего Мартинеса к власти, шло жестокое подавление сельского сопротивления. Наиболее заметным событием было восстание сальвадорских крестьян в феврале 1932года, первоначально возглавляемое Фарабундо Марти и Абель Куэнка, и студенты университета Альфонсо Луна и Марио Сапата, но эти лидеры были схвачены еще до планируемого восстания. Выжил только Куэнка, остальные повстанцы были убиты правительством. После захвата лидеров движения восстание вспыхнуло неорганизованно и под контролем толпы, что привело к правительственным репрессиям, которые позже были названы Резня, потому что десятки тысяч граждан погибли в последовавшем хаосе по приказу президента Мартинеса.
В нестабильном политическом климате предыдущих нескольких лет общественный деятель и революционный лидер Фарабундо Марти помог основать Коммунистическую партию Центральной Америки и возглавил коммунистическую альтернативу Красному Кресту под названием International Red Aid, выступая в качестве одного из ее представителей. Их цель состояла в том, чтобы помочь бедным и обездоленным сальвадорцам с помощью марксистско—ленинской идеологии (решительно отвергая сталинизм). В декабре 1930 года, в разгар экономической и социальной депрессии в стране, Марти был вновь изгнан из-за своей популярности среди бедняков страны и слухов о его предстоящем выдвижении на пост президента в следующем году. Как только Артуро Араухо был избран президентом в 1931 году, Марти вернулся в Сальвадор и вместе с Альфонсо Луной и Марио Сапатой начал движение, которое позже было усечено военными.
Они помогли начать партизанское восстание коренных фермеров. В ответ правительство убило более 30 000 человек на «мирной встрече» в 1932 году. Крестьянское восстание против Мартинеса было подавлено сальвадорскими военными через десять дней после его начала. Восстание под руководством коммунистов, вызванное падением цен на кофе, имело некоторый первоначальный успех, но вскоре утонуло в кровавой бане. Президент Мартинес, свергнувший