В ноябре 1811 года сальвадорский священник Хосе Матиас Дельгадо позвонил в колокола Иглесиа Ла Мерсед в Сан-Сальвадоре, призывая к восстанию и началу Движения за независимость 1811года. Это восстание было подавлено, а многие его лидеры были арестованы и отбыли наказание в тюрьме. В 1814 году началось еще одно восстание, которое также было подавлено.
В 1821 году в связи с волнениями в Гватемале испанские власти капитулировали и подписали Акт о независимости Центральной Америки, который освободил все капитанство Гватемалы (включающее нынешние территории Гватемалы, Сальвадора, Гондураса, Никарагуа и Коста-Рики, а также мексиканский штат Чьяпас) от испанского владычества и провозгласил его независимость. В 1821 году Сальвадор объединил Коста-Рику, Гватемалу, Гондурас и Никарагуа в союз, названный Федеративной Республикой Центральной Америки.
В начале 1822 года власти новых независимых провинций Центральной Америки, собравшись в Гватемале, проголосовали за присоединение к вновь созданной Первой Мексиканской империи под руководством Агустина де Итурбиде. Сальвадор сопротивлялся, настаивая на автономии для стран Центральной Америки. Мексиканский военный отряд отправился в Сан-Сальвадор и подавил инакомыслие, но с падением Итурбиде 19 марта 1823 года армия вернулась в Мексику. Вскоре после этого власти провинций отменили голосование за присоединение к Мексике, решив вместо этого сформировать федеральный союз из пяти оставшихся провинций. На этом этапе Чьяпас окончательно присоединился к Мексике. Когда Федеративная Республика Центральной Америки распалась в 1841 году, Сальвадор сохранил свое собственное правительство, пока не присоединился к Гондурасу и Никарагуа в 1896 году, чтобы сформировать Великую Республику Центральной Америки, которая распалась в 1898 году.
После середины 19 века экономика была основана на выращивании кофе. По мере того, как мировой рынок индиго увядал, экономика процветала или страдала, поскольку мировые цены на кофе колебались. Огромные прибыли, которые кофе приносил как экспорт монокультуры, послужили толчком к концентрации земли в руках олигархии всего лишь нескольких семей.
На протяжении последней половины 19-го века череда президентов из рядов сальвадорской олигархии, номинально как консервативных, так и либеральных, в целом соглашалась на продвижение кофе как преобладающей товарной культуры развитие инфраструктуры (железных дорог и портовых сооружений) в первую очередь для поддержки