В силу многих объективных причин возможности для максимального взаимопроникновения командно-штабных структур НАТО и ЕС/ЕПБО могут оказаться весьма ограниченными. Хотя договорно-правовые основы такого взаимодействия были изложены в соглашении «Берлин-плюс», предоставляющем гарантированный доступ Евросоюза к оперативному планированию НАТО, а также к общим силам и средствам, которые могут быть отданы в распоряжение Евросоюза, на практике взаимодействие между ЕС и НАТО по-прежнему оставляет желать лучшего. Несмотря на успешную (но весьма ограниченную по масштабам) операцию «Конкордия», реализованную силами Еврокорпуса в Македонии, последующие разрозненные действия ЕС и НАТО, направленные на поддержку миссии Африканского союза в Судане в 2005 г., продемонстрировали определенную ограниченность берлинских договоренностей.
Поспешное и недостаточно продуманное в деталях сближение ЕС и НАТО в вопросах совместной военной деятельности способно привести к нарушению принципа субординации и усложнить процесс принятия решений на уровне обоих институтов. Подобный сценарий может стать вероятным в случае отсутствия консенсуса между обеими организациями или их отдельными государствами-членами при подготовке военных операций.
Возвращение в ряды Североатлантического альянса сотен французских офицеров, призванных заниматься разработкой, согласованием и внедрением стратегических и оперативных планов НАТО, несет в себе определенные политические риски. При возникновении в отношениях Франции и США очередного «кризиса доверия» (наподобие иракского) одни и те же военные чиновники, занимающие равноценные или близкие по значимости посты в общеевропейских и натовских руководящих органах, будут вынуждены делать непростой выбор между «атлантической солидарностью» и «европейской автономией». Может случиться, что французский генералитет (поддержанный в определенный момент политическим руководством), в очередной раз отдаст предпочтение «национальной независимости», ограничив свою деятельность по линии НАТО.
В свете обозначенных реалий процессы реинтеграции Франции и реформу командно-штабной структуры НАТО