Между тем во второй половине 1858 г. вспыхнули народные волнения в западных провинциях Карабобо, Португеса, Баринас, Апуре. В этой ситуации либералы, находившиеся в изгнании на Антильских островах, решили взяться за оружие 15 октября на острове Сан-Томас они учредили Патриотическую хунту Венесуэлы под председательством генерала Хуана К. Фалькона и одобрили программу, главным пунктом которой было требование федерации, т. е. полной административной автономии провинций. Объективно этот лозунг выражал стремление либерально настроенных буржуазно-помещичьих кругов и интеллигенции к общей демократизации страны. Поэтому он нашел отклик среди широких масс, воспринявших его как призыв к борьбе за социальное равенство. Либералы добивались также проведения ограниченных буржуазных реформ в рамках существующего строя.
20 февраля 1859 г. группа революционной молодежи с ведома Саморы подняла восстание в Коро, явившееся началом кровопролитной гражданской войны, которая продолжалась более четырех лет и вошла в историю как «Война федерации». Высадившись в Коро и объявив о преобразовании этой провинции в штат федерации, Самора двинулся на юго-восток, в провинцию Яракуй, а оттуда – на юг, в льяносы, – где к середине 1859 г. были образованы штаты Баринас, Апуре, Португеса. В июле на северо-западе страны начал военные операции Фалькон.
Хотя война возникла как вооруженная борьба между либералами и консерваторами, вскоре обнаружилось, что она имеет глубокую социальную подоплеку. По своему характеру это было фактически, прежде всего, крестьянское движение, направленное против гнета помещиков, нередко сопровождавшееся разделом земель и носившее отчасти расовый оттенок, что отражало ненависть «цветных» низов к креольской элите.
Если рассматривать исторические события с внешней стороны, то это была политическая борьба либералов с олигархами, и велась она за овладение властью.
Встревоженный успехами федералистов, президент X. Кастро пытался лавировать между враждующими лагерями, вследствие чего был смещен консерваторами. Занявший его место М. Ф. де Товар оказался не в состоянии помешать дальнейшему распространению восстания. После объединения сил Саморы и Фалькона правительственным войскам 10 декабря 1859 г. был нанесен сокрушительный удар в сражении при Санта-Инес. Затем федералисты по настоянию Саморы, представлявшего радикальную тенденцию в движении и склонного в отличие от умеренного и нерешительного