Во время московской осады войском царя Лжедмитрия II князь Иван Борисович Черкасский возглавлял третий по значению сторожевой полк рати царя Василия Шуйского, оборонявшей столицу. Сначала полки стояли на Пресне, но после неудачной битвы у деревни Рахманцево 23 сентября 1608 года войско стало разбегаться. Произошли изменения и в составе воеводского корпуса. Как отмечают разряды, именно в это время князь Иван Борисович Черкасский начал местнический спор со стоявшим выше его – во главе передового полка – одним из первых московских бояр и столпов царствования Василия Шуйского князем Иваном Михайловичем Воротынским. И хотя местничаться было совсем не ко времени из-за находившегося под столицей врага, князь Иван Борисович всё равно начал тяжбу. И даже получил «невместную грамоту» (в некоторых списках разрядных книг было даже подчеркнуто его происхождение добавлением после «Борисович» второго отчества «Кайбулатович» в напоминание о выезде отца на русскую службу)[40]. Такая грамота была залогом высокого положения рода: в дальнейшем никто из его потомков не должен был находиться в прямом подчинении у князей Воротынских.
Местническое дело князей Черкасских и Воротынских стало плохим предзнаменованием дальнейших событий, связанных с обороной Москвы. Как известно, когда в воеводах «согласья нет», тогда не приходится ожидать ничего хорошего. 18 октября был сменен второй воевода сторожевого полка окольничий Федор Васильевич Головин, и его место занял князь Мирон Шаховской. Основные силы оставались под Москвой вплоть до «Николы зимнего», то есть до 6 декабря 1608 года, и только после этого полки вошли в столицу на зимние квартиры. Пока царское войско находилось в Москве, тушинцы сделали основной упор на подчинение уездов, организацию присяги Лжедмитрию II и попытались захватить Троице-Сергиев монастырь. Царь Василий Шуйский надеялся на помощь шведов и отправил главу своей армии боярина князя Михаила Васильевича Скопина-Шуйского в Новгород Великий для заключения договора о найме вспомогательного иноземного войска. Остальные воеводы Большого, передового и сторожевого полков сидели в осаде по башням и воротам Белого города. Полки царя Василия Шуйского охраняли укрепления Москвы до прихода в столицу рати князя Скопина-Шуйского в марте – апреле 1610 года.
Сторожевой полк стольника князя Ивана Борисовича Черкасского и второго воеводы князя Мирона Шаховского всё это время защищал Арбатские ворота