После смерти жены, Екатерины Дмитриевны (урожденной Трубецкой), утешением его старости стала дочь, родившаяся в 1790 году. Образ княжны Марьи в «Войне и мире» лишь отчасти соответствует своему прототипу. Верно, что она была некрасива, и потому отец, не слишком надеясь на ее замужество, воспитывал дочь «по-спартански»: ежедневные моционы, физическая культура (мать Толстого недурно играла в бильярд), занятия математикой и иностранными языками (владела французским, английским, немецким, итальянским и, что было необычно для девушек той поры, прекрасно писала по-русски).
Но есть в романе два важных несоответствия.
Если судить по «Войне и миру», отец и дочь жили в Ясной Поляне (в романе имение называется Лысые Горы) замкнуто и безвыездно. Гордый и своенравный князь Болконский любил говорить: «Ежели кому меня нужно, то тот из Москвы 150 верст доедет до Лысых Гор, а мне ничего и никого не нужно». Так считали почти все ранние биографы Толстого. Но позднейшие исследования доказали, что Волконские не были такими уж затворниками. Знаток истории толстовского рода Т. Г. Никифорова пишет: «Вопреки сложившемуся мнению (отчасти под влиянием образов старого князя Болконского и княжны Марьи в “Войне и мире”) жизнь Н. С. Волконского и его дочери отнюдь не была затворнической… Из дневника князя Дмитрия Михайловича Волконского, родного племянника Н. С. Волконского, видно, что аристократический военный круг, литературно-ученая среда, к которой принадлежал автор дневника благодаря разветвленным родственно-дружеским связям, была и той культурно-исторической средой, в которой проходила жизнь отца и дочери Волконских».
В этот круг общения входили Сергей и Василий Львовичи Пушкины (отец и дядя великого поэта), Петр Андреевич Вяземский, Николай Михайлович Карамзин, Павел Иванович Сумароков, Иван Андреевич Крылов. Мария Николаевна была дружна с женой Дмитрия Михайловича Волконского Натальей Алексеевной, урожденной графиней Мусиной-Пушкиной. Она бывала в доме ее отца Алексея Ивановича Мусина-Пушкина, благодаря которому мы обрели ряд ценнейших древнерусских рукописей, в том числе и «Слово о полку Игореве».