В самом конце XVI в. ойраты уничтожили остатки войск бежавшего от русских сибирского хана Кучума. Гибель Сибирского ханства позволила западным монголам продвинуть свои кочевья на север до верховий рек Ишим и Омь. По данным сибирских летописей, на рубеже XVI и XVII вв. ойратские владения простирались до района современного города Омска. Помимо Западной Монголии кочевья ойратов охватывали в начале XVII в. обширные пространства на левобережье Иртыша, «занимая в среднем течении Иртыша степи его правого и левого берегов» примерно до широты современного Новосибирска.
В начале XVII в. ойраты начали активно вмешиваться в дела Средней Азии. Бухарский хан начал военные действия против ойратов и казахов, стремясь вернуть Ташкент, захваченный казахами в 1598 г. В ташкентской битве 1613 г. бухарцы разгромили ойратов и казахов, тем самым остановив продвижение ойратов в Среднюю Азию на 30 лет.
В XVII в. ойраты вели войну с государством Алтын-ханов (Монгольским ханством), которое располагалось на территории современной Монгольской Республики, в северо-западном углу Халхи, между озерами Убса-Нур и Хубсугул и на западе граничило с землями ойратов. В конце ХVI-начале XVII вв. Алтын-ханам удалось подчинить ряд мелких племенных групп и народностей Южной Сибири, обитавших близ северных границ их владений. В результате Алтын-ханы стали соседствовать с Русским государством и вступили с ним в разносторонние отношения. В 1617г. царь Михаил Федорович «жалованной грамотой» известил Алтын-хана о принятии его в русское подданство.
Хара-Хула, принявший титул хунтайджи («великий вождь») до 1619 г. не вступал в контакты с русскими властями. Постепенно подчинив ойратские племена, он возглавил их борьбу против государства Алтын-ханов. Стремясь обезопасить свои тылы, Хара-Хула отправил посольство в Москву и попросился в русское подданство. В результате Михаил Федорович отказался участвовать в совместном походе с Алтын-ханом против Хара-Хулы и вручил послам последнего грамоту о принятии ойратов в русское подданство. После этого началась война между ойратами и Алтын-ханом, в которой Хара-Хула потерпел поражение.
В первой четверти XVII в. ойраты мигрировали на юг, в пределы Алтайского края. Умер Хара-Хула около 1635 г.
Экспансия Джунгарского ханства и его разгром
Усиливавшаяся Джунгария столкнулась с Казахским ханством. Начались взаимные набеги. В 1635 г. казахи потерпели поражение и в плен к джунгарам попал султан Жангир, сын хана Ишима (Есима). После заключения договора о мире с джунгарами он был отпущен из плена, однако по возвращению