Антоний Дымский скончался без малого за двадцать лет до того – 24 июня 1224 года. Его тело погребли в устроенной им церкви во имя преподобного Антония Великого у клироса.
В 1370 году мощи святого обретены нетленными и положены открыто в раке в том же Антониевском храме. Память преподобного Антония чтится 17 января, вероятно в день обретения мощей.
В 1409 году обитель была полностью разрушена во время нашествия хана Едигея, возможно, каким-то отрядом ордынцев, поскольку сам Едигей до Новгородской земли не доходил. Насельники монастыря, видя приближение врага, пропели молебен у раки с мощами преподобного Антония и скрыли их под спудом, положив каменную плиту и присыпав землей. Церковную утварь, колокола, вериги и железную шляпу святого опустили на дно Дымского озера.
Прп. Антоний Дымский
В 1578 году шведы разорили Валаамский монастырь и валаамские монахи переселились в «монастырь у Онтонья Великого на Дымех». Они установили здесь строгие валаамские монастырские общежительные традиции. Есть публикация описи монастыря 1583 года, а также грамоты новгородского митрополита Варлаама от 23 мая 1592 года в Дымский монастырь валаамским старцам: «…и вы б, и соборные старцы, и вся братья и слугы, жили в том манастыре у Онтонья Великого на Дымех, по чину манастырскому, во всем манастырском житье благочинно, смирно и безмятежно, по преданию отеческому и по закону прежних своих Валамских началников Сергия и Германа, общежительством, каков закон и начало их положено было изстари в Валамском манастыре; а нынеча по тому ж бы есте, в том манастыре на Дымех, закон не разорили, но исполнили по всякому благочинью, и жили б есте в согласие вся братья и слуги, вкупе, единомышлено и меж себя в послушание, и манастырское содевали по совету с собору всей братьи, а без брацкого совету никоторой бы у вас старец, ни слуга, в манастыре не действовали, община б у вас была по прежнему, и платеную одежу и обувь братье и слугам, вся кому человеку манастырскому, давали по старине из манастырские казны…».
В 1611 году Антониево-Дымский монастырь подвергся разорению шведами. Войска Якова Делагарди не смогли взять осадой Тихвинский Успенский монастырь и обрушили свой удар на Дымскую обитель. Неукрепленная обитель не смогла оказать сопротивления. Храмы и кельи сгорели, братия разошлась по окрестным лесам.
В 1626 году с благословения Патриарха Филарета царь Михаил Федорович повелел возобновить «монастырь на Дымях». А в царствование Алексея Михайловича в 1655 году трудами игумена Филарета в Дымском монастыре был построен первый каменный храм.
В 1687 году Дымский монастырь опять сгорел, и его отстроили заново.
Во время секуляризации монастырских земель в 1764 году монастырь упразднили, соборный храм стал приходским.