A principios de septiembre de 1803 Francia e Inglaterra habían vuelto a la guerra. Era la consecuencia de los intentos franceses por recuperar el terreno perdido en Ultramar, Carlos IV se ofreció sin éxito a Londres como mediador, mientras que para implicarlo en el conflicto Napoleón lo presionaba por medio de Herman, un enviado especial que a la postre no consigue de España más que una aportación económica anual de 72.000.000 de libras, como estipula el tratado de Subsidios (firmado el 22 de octubre de 1803): es el precio que Napoleón impone a España por una neutralidad que no duraría demasiado.
En 1804 la tensión no cesó. Napoleón –que se había proclamado emperador el 18 de mayo– empezó los preparativos para invadir Inglaterra. Pitt, que había vuelto al poder, concluyó con el zar Alejandro I una alianza, a la que se unieron Austria, Suecia y Nápoles, de modo que en 1805 ya estaba organizada la Tercera Coalición. Napoleón se puso en campaña y con 200.000 hombres cruzó el Rin, venció a los austriacos en Ulm y entró en Viena. Un poco antes se produjo la ruptura española con Inglaterra, el 14 de diciembre de 1804, consecuencia del ataque de una flotilla inglesa en el cabo de Santa María a tres navíos españoles, de los que uno fue hundido y los otros dos capturados. A raíz de la declaración de guerra a los ingleses cesó el pago del subsidio a Francia, estableciéndose una nueva alianza, firmada en París el 4 de enero de 1805, siendo el representante español el almirante Gravina, que regresó seguidamente a España y con su vuelta empiezan los preparativos para la guerra naval en pro de los planes napoleónicos.
Napoleón tenía un proyecto demasiado sencillo para invadir Inglaterra, consistente en que las flotas francesa y española con maniobras de diversión sacarían a la inglesa de sus puertos, aprovechando su ausencia para trasladar a la isla los 100.000 hombres acantonados en Boulogne, con los que se proponía conquistar Londres. Un plan demasiado simple, que como dijo Nelson “no tomaba en consideración el tiempo ni la brisa”. El proyecto avanzaba lentamente entre retrasos y vacilaciones, lo que le permitió reaccionar con acierto al inicialmente desorientado almirante inglés, logrando desbaratar el plan, pues su realización sería inviable después de la batalla de Trafalgar, a la que se llega tras la maniobra de distracción de la Martinica y el combate del cabo Finisterre (22 de julio de 1805), victoria inglesa que constituyó una especie de premonición y tras el cual, Villeneuve –almirante francés a quien Napoleón había dado el mando supremo de las operaciones– puso proa al sur para refugiarse en Cádiz, donde entró el 20 de agosto y allí quedó bloqueado con la escuadra española.
La flota aliada salió de Cádiz –en una decisión equivocada– con el propósito de seguir los “modos tradicionales” de la lucha naval, por lo que adoptó una formación en línea entre el estrecho y la costa. La flota inglesa atacó formada en dos columnas –una mandada por Nelson y la otra por Collingwood– que avanzaban verticalmente contra el enemigo y que se vieron favorecidas en sus intenciones por la maniobra ordenada por Villeneuve. Dicha maniobra, motivada por el deseo del francés de no perder el contacto con Cádiz, consistió en ordenar que toda la flota virase en redondo, lo que perturbó más aún el orden de la formación, provocando unos espacios entre los navíos, facilitando el objetivo de Nelson de fragmentar la línea enemiga y cargar sucesivamente sobre los diferentes grupos de navíos aislados, de forma que el grueso de su flota combatía con una parte de la contraria, consiguiendo la superioridad necesaria en los diferentes combates parciales para alcanzar la victoria definitiva. Podemos decir en una simplificación extrema que gracias a la táctica de Nelson, la batalla de Trafalgar vino a ser la suma de una serie de combates simultáneos que se producen en el mismo escenario de forma “aislada” y que se conectan entre sí porque los navíos vencedores van en busca de una nueva presa o ayudan a los compañeros en los ataques que ya tienen trabados.
Unas horas más tarde, el resultado de la batalla estaba claro: los aliados habían sido destrozados y sus pérdidas fueron cuantiosas. Villeneuve, hecho prisionero, devuelto a Francia más tarde, se suicidó en Rennes, incapaz de aguantar el peso de la derrota y las censuras que llovieron sobre él, empezando por las del mismo Napoleón. En la batalla murieron destacados jefes, como el francés Magon y los españoles Alcalá Galiano (en el Bahama) y Churruca (en el San Juan); Cayetano Valdés fue gravemente herido en el Neptuno; el mismo Gravina resultó herido y murió más tarde. En el otro bando, lo más sensible fue la muerte de Nelson, en el Victory.
La derrota de Trafalgar daba al traste con los planes napoleónicos de invasión de Inglaterra y sus consecuencias fueron grandes. Por lo pronto, España sin flota dejaba de ser aliada importante para el emperador francés, quien iba a preparar otra de sus fulgurantes alardes terrestres en Europa, provocando la formación de una nueva coalición continental contra él: el arma que va a emplear contra Inglaterra es el bloqueo continental, es decir cerrar los puertos europeos a los productos y relaciones ingleses, un proyecto más laborioso que la invasión y de realización más compleja y problemática.
En España, Godoy –en creciente desprestigio– temía las consecuencias que el cambio de la situación pudiera reportarle y dudaba sobre qué actitud adoptar, resolviendo hacer una proclama de llamamiento al país a las armas sin decir contra quién iba dirigida tal iniciativa, lo que no impidió que fuera acogida en medio de una gran popularidad y que los preparativos se hicieran con ritmo febril. Una situación que cambia bruscamente cuando llegan noticias a Madrid de las victorias napoleónicas en Jena y Auerstedt. La actitud de Godoy hacia Napoleón cambió bruscamente y volvió al mayor servilismo. El francés acepta sus protestas de sincera amistad, finge creerle y le impone la aceptación de unas duras realidades, como fueron: el reconocimiento del hermano de Napoleón, José, como rey de Nápoles –reino del que había sido desposeído Fernando IV, hermano del rey español y padre de María Antonia, esposa del heredero español, el futuro Fernando VII–; la incorporación de España al bloqueo continental y el envío de 15.000 hombres a Hannover para reforzar la acción de las tropas napoleónicas en el continente. El contingente español iría al mando del marqués de la Romana. El bloqueo continental era una realidad desde 1806 y a él se adhirió España el 19 de febrero de 1807. Napoleón pensaba que Portugal se adheriría también, pero se equivocó y entonces decidió utilizar a España de nuevo para sus planes, sin que Godoy acertara a oponerse.
El 27 de octubre de 1807 se firmaba el tratado de Fontainebleau entre España y Francia para acabar con la independencia de Portugal, que sería dividido en tres partes: el norte –convertido en Reino de Lusitania con capitalidad en Oporto– se entregaría a los desposeídos por Napoleón reyes de Etruria; el centro –la región del Duero y el Tajo– se cambiaría por territorios españoles ocupados por los ingleses –Gibraltar, entre ellos–; el resto, el Algarbe y el Alentejo se convertiría en un nuevo reino para Godoy.
El mismo día que se firmaba el tratado de Fontainebleau, se descubría en El Escorial una conspiración en la que estaba implicado el príncipe Fernando y se encaminaba a derribar al todopoderoso ministro. La conjura constituye la primera evidencia de la entidad de la oposición que están llevando a cabo los enemigos del valido, cuyos planes quedaron al descubierto al ser recogidos unos papeles que el príncipe heredero guardaba en su habitación de El Escorial, cuando ésta fue registrada con el consentimiento del rey en un momento en que Carlos IV había mandado llamar a su presencia a su hijo, cuya falta de carácter quedó patente al delatar a sus compañeros de conspiración y solicitar su propio perdón en una carta de 5 de noviembre que fue dada a conocer y calificada de cobarde. Al parecer, los confidentes de Godoy le habían avisado de lo que se fraguaba en la habitación de Fernando y entre los papeles recogidos había una colección de acuarelas con representaciones procaces del matrimonio regio y Godoy, ilustraciones que habían sido repartidas por las tabernas de Madrid. Entre los detenidos estaban Escoiquiz, preceptor del príncipe, el duque del Infantado, el conde de Orgaz y el marqués de Ayerbe, entre otros, pero el Consejo de Castilla los absolvió de culpa por falta de pruebas en un proceso que no aclara lo sucedido y cuya resolución absolutoria fue hecha pública en los primeros