A pesar de ello Jordania e Israel consolidaron el control de sus respectivas zonas en la ciudad, insistiendo tanto el rey jordano como el parlamento israelí (Knéset) en la legitimidad de sus anexiones. El 23 de enero de 1950 la Knéset proclamó Jerusalén oeste capital del estado de Israel. Durante la Guerra de los Seis Días (junio de 1967) Israel ocupó, entre otros territorios, Jerusalén este. El 27 de ese mes la Knéset aprobó la Ley de orden de las municipalidades (Enmienda 6) y la Orden de ley y de administración (Enmienda 11), que concedieron al gobierno de su país el poder de aplicar las leyes, jurisdicción y administración israelíes a los enclaves anexionados. Se aprobó igualmente una Ley de protección de los Santos Lugares.
Muchos países condenaron la política de Israel, al igual que hizo la ONU por medio de varias Resoluciones. A pesar de ello Israel continuó su estrategia. La Ley básica del 30 de julio de 1980 proclamó Jerusalén, sin división, capital del estado de Israel y sede de sus principales instituciones: presidencia, Knéset, gobierno y tribunal supremo. La protesta mundial no se hizo esperar y de todas partes llovieron las críticas hacia la posición israelí. En la actualidad, no reconocen legitimidad a la ocupación israelí de Jerusalén oriental ni la ONU, ni Estados Unidos, ni la Unión Europea.
Una solución factible sería dividir la ciudad: Jerusalén este, anexionada por Israel durante la Guerra de los Seis Días, pasaría a soberanía de la ANP, permaneciendo Jerusalén oeste en poder de Israel. En cuanto a los Santos Lugares, las posibilidades son, entre otras, las siguientes: administración directa de la ONU, soberanía compartida por Israel y Palestina y, en el caso la Explanada de Las Mezquitas, control palestino de la superficie, de una parte, y, de otra, subsuelo en poder israelí, por su valor arqueológico para los judíos y su significado religioso para el judaísmo.
El Vaticano no se ha definido sobre la soberanía territorial de la ciudad pero es partidario de dotar a los Santos Lugares de un estatuto especial, garantizado por la ONU, que posibilite la libertad de culto en ellos y el acceso a quienes quieran visitarlos, reservando la administración de cada lugar (Muro Occidental o Muro de las Lamentaciones, Cúpula de la Roca, mezquita de Al Aqsa, etc.) a las autoridades de la religión más interesada.
Probablemente, el problema más difícil de resolver en Oriente Próximo sea el futuro de los refugiados palestinos y su relación con la tierra de donde fueron expulsados. La huida masiva de muchos palestinos en 1948, que denominan la nakba o «catástrofe», estaba ya en la mente de los dirigentes sionistas antes de que se produjera y ha sido desde entonces la mayor fuente de conflicto en la región. Según ha estudiado entre otros el historiador palestino Nur Masalha, después de su fundación el estado de Israel ha creado una estructura normativa para legitimar y afianzar la posesión de tierras que los palestinos ―el 80%, según este autor― abandonaron por la fuerza:
«Israel confeccionó un sistema jurídico para legalizar y consolidar su ocupación masiva de la propiedad de los refugiados. La Ley de la Propiedad Absentista, promulgada en 1948, disponía que todo árabe que hubiera abandonado su residencia habitual entre el 29 de noviembre de 1947 y el 1 de septiembre de 1948 para trasladarse fuera de Palestina, o a zonas dentro de Palestina ocupadas por fuerzas militares árabes sería considerado “ausente”, y sus tierras y propiedades confiscadas [...].
«El objetivo de la política aplicada ―militar, diplomática y legal― por el estado judío era consolidar el poder y la dominación étnica de la mayoría judía de Israel. Un elemento clave en ese esfuerzo fue la prohibición del regreso de los refugiados palestinos ―residentes dentro o fuera de las fronteras del nuevo estado― a sus hogares y propiedades ancestrales. Ese objetivo ha sido hasta hoy la premisa fundamental que informa toda política israelí hacia los refugiados palestinos.
«El resultado de la guerra de 1948 proporcionó a Israel el control de más de dos millones de hectáreas de tierra palestina. Tras su victoria el estado israelí se hizo con las tierras de 750.000 refugiados que tenían prohibido el retorno, y sometió a la restante minoría palestina a leyes y regulaciones que la privaba del disfrute efectivo de buena parte de su tierra.
«Desde entonces, toda la ofensiva masiva para hacerse con la tierra palestina (de refugiados y no refugiados) se ha llevado a cabo de acuerdo con la estricta legalidad. Entre 1948 y principios de los años noventa, Israel ha promulgado unos treinta estatutos para transferir las tierras de propiedad privada árabe a la propiedad del estado (judío). En las Naciones Unidas, Israel rechazó el derecho de los refugiados palestinos a regresar a sus hogares y aldeas, y se opuso muy particularmente a la Resolución 194 de la Asamblea General de las Naciones Unidas de diciembre de 1948.»
Según el Organismo de Obras Públicas y Socorro de las Naciones Unidas para los Refugiados de Palestina en el Cercano Oriente (en inglés United Nations Relief and Works Agency for Palestine Refugees, UNRWA), creado el 8 de diciembre de 1949 con funciones humanitarias,
«los refugiados palestinos son personas cuyo lugar habitual de residencia entre junio de 1946 y mayo de 1948 fue Palestina, que perdieron sus casas y medios de vida como resultado del conflicto árabe-israelí de 1948, y que se refugiaron en Jordania, Líbano, la República Árabe de Siria, el territorio de Cisjordania, controlado entonces por Jordania, o la franja de Gaza, que administraba Egipto.»
La UNRWA incluye en su definición a «los descendientes de las personas que se convirtieron en refugiados en 1948». La Organización de Naciones Unidas calcula el número de refugiados originales en cerca de 726.000 musulmanes y cristianos que, gracias a su rápido crecimiento natural, alcanzaron los 4.919.917 a fines de 2012. Sin embargo, la OLP sostiene que en esa fecha había ya más de 7,5 millones de refugiados ―la mayoría viviendo a menos de 150 kilómetros de la frontera israelí―, al incluir en esta condición a varios grupos:
4.919.917 refugiados registrados por Naciones Unidas.
1,5 millones de expulsados por la guerra de 1948 y sus descendientes, no registrados por Naciones Unidas porque no se inscribieron o porque no necesitaban asistencia cuando se convirtieron en refugiados.
950.000 desplazados por la guerra árabe-israelí de 1967 y sus descendientes.
350.000 desplazados residentes en Israel y sus descendientes.
Los refugiados palestinos reconocidos por Naciones Unidas viven principalmente en Gaza, Cisjordania, Jerusalén Oriental, Jordania, Siria y Líbano. De ellos, casi el 30% (en torno a 1,5 millones) residía a fines del 2012 en los 61 «campos» oficiales. Un «campo» es «un terreno puesto por el gobierno anfitrión a disposición de la UNRWA para acomodar a los refugiados palestinos e instalar servicios, con objeto de atender a sus necesidades». Los solares donde se asientan estos campos son propiedad de los países que los prestan o se arriendan a dueños locales, y de su administración y vigilancia responden los países anfitriones, mientras la UNRWA se encarga de proporcionar a sus residentes los servicios sociales básicos.
El 1 de julio de 2012 había 58 campos de refugiados reconocidos por la UNRWA instalados en Jordania (10 campos), Líbano (12), Siria (9), Cisjordania (19) y la Franja de Gaza (8). En dicha fecha la distribución de los refugiados era la siguiente:
| Área de operaciones | Campos oficiales | Refugiados registrados |
| Jordania | 10 | 2.018.735 |
| Líbano | 12 | 438.917 |
| Siria | 9 | 492.890 |
| Cisjordania | 19 | 735.249 |
| Gaza | 8 | 1.185.550 |
| Total | 58 | 4.871.341 |