Las consecuencias de la primera Intifada fueron enormes. El sufrimiento palestino atrajo la compasión y simpatía de la opinión pública mundial, incluyendo la conmiseración de judíos del mundo entero, y la situación se hizo insostenible. La propia OLP, sorprendida por el levantamiento popular, trató de controlar la insurrección para evitar su radicalización por grupos integristas. Su deseo condujo a la celebración en Argel de una histórica reunión del Consejo Nacional Palestino (el parlamento en el exilio) que, en noviembre de 1988, hizo públicos dos documentos fundamentales.
En el primero expresó mediante un «Comunicado Político» su decisión de solucionar el problema palestino en el marco de la Carta Nacional Palestina y de las resoluciones de Naciones Unidas. Ello suponía de hecho, aunque no se especificara, aceptar por vez primera el derecho a existir de Israel y renunciar al terrorismo, condiciones exigidas por Estados Unidos para reconocer a la OLP. El «Comunicado» convirtió en caduca la Carta Nacional Palestina, hasta entonces en vigor. El segundo documento, una «Declaración de independencia del estado de Palestina», anunció la creación de dicho estado con capital en Jerusalén y en conformidad, entre otras, con la Resolución 181 (II) de la Asamblea General, de 1947.
Admitido de hecho por la OLP el derecho de Israel a existir, el estado judío se vio en la obligación de presentar un plan de paz. La organización dirigida por Arafat había demostrado que, al menos en teoría, podía compatibilizar el derecho del pueblo palestino a la autodeterminación con el del pueblo judío a la suya, así como con el derecho de Israel a su seguridad. La respuesta israelí se plasmó en el llamado «Plan Shamir» (mayo de 1989), que presentó una propuesta de paz basada en los Acuerdos de Camp David. Dicho plan reiteró el deseo israelí de terminar la guerra con los países árabes y expresó la necesidad de ayuda económica internacional para los Territorios Ocupados, a la vez que hizo un llamamiento a la solución del problema palestino, que sería negociada con representantes libremente elegidos por los habitantes palestinos de Cisjordania y Gaza.
En 1991 parecieron darse buenas condiciones para avanzar en la solución del conflicto. Varios países árabes habían participado en la coalición formada para liberar a Kuwait de la invasión de Iraq, que sí apoyó la OLP. La ruptura de la unidad árabe contribuyó sin embargo a la moderación de algunos de estos estados. Además, la desaparición del sistema de bloques ―que eliminó la obsesiva rivalidad soviético-americana― favoreció el clima adecuado para abordar con profundidad los problemas de Oriente Próximo. El lugar elegido para hacerlo fue Madrid, como indicaba la invitación dirigida a los participantes en la Conferencia:
«Tras amplias consultas con los estados árabes, Israel y los palestinos, Estados Unidos y la Unión Soviética creen que existe una oportunidad histórica para hacer avanzar las perspectivas para una genuina paz en toda la región. Estados Unidos y la Unión Soviética están dispuestos a ayudar a las partes a conseguir un acuerdo justo, amplio y duradero mediante negociaciones directas en dos ámbitos, entre Israel y los estados árabes y entre Israel y los palestinos, basadas en las resoluciones 242 y 338 del Consejo de Seguridad de la ONU. El objetivo de este proceso es una auténtica paz. A este fin, el presidente de EE.UU. y el presidente de la URSS le invitan a una conferencia de paz, bajo el patrocinio de ambos países, seguida de forma inmediata de negociaciones directas. La conferencia se reunirá en Madrid el 30 de octubre de 1991.»
Las partes invitadas respondieron afirmativamente a la propuesta soviético-americana y la Conferencia de Paz sobre Oriente Próximo de Madrid se prolongó del 30 de octubre al 3 de noviembre de 1991. Reunir en torno a una mesa a árabes e israelíes y conseguir la continuación del diálogo fueron los mayores logros de esta histórica reunión. Además del desarrollo de negociaciones multilaterales sobre asuntos de interés común (refugiados, seguridad, limitación de armamento, medio ambiente, agua, desarrollo económico), Israel vio cumplido su deseo de conversar directamente con los representantes de cada uno de los estados árabes vecinos (Jordania, Siria y Líbano) y con los palestinos, integrados en una delegación con los jordanos.
Aunque a mediados de 1993 las negociaciones bilaterales parecieron estancarse, en las conversaciones secretas mantenidas en Oslo por Israel y la OLP se alcanzó un consenso que se hizo público en agosto de ese año. En virtud de los Acuerdos de Oslo de 10 de septiembre de 1993 Israel y la OLP intercambiaron notas de reconocimiento mutuo, el primero aceptando a la OLP como representante del pueblo palestino y esta admitiendo el derecho de Israel a existir.
El 13 de ese mismo mes de septiembre los representantes de Israel y de la OLP firmaron en Washington una «Declaración de principios», seguida de un apretón de manos entre Isaac Rabin, primer ministro de Israel, y Yasser Arafat, presidente de la OLP. El texto de la Declaración, inspirado en las resoluciones 242 (1967) y 338 (1973) del Consejo de Seguridad de Naciones Unidas, estableció el objetivo de instaurar durante no más de 5 años un gobierno autónomo provisional palestino elegido por los habitantes de Cisjordania y Gaza como primer paso para la solución global del conflicto. En ese periodo se iniciarían conversaciones sobre el estatuto permanente en las que se abordarían asuntos de interés común (refugiados, seguridad, Jerusalén, agua, cooperación, etc.).
El 4 de mayo de 1994 comenzó el periodo provisional previsto en la «Declaración de principios» de Washington. En esa fecha Israel y la OLP firmaron en El Cairo el Acuerdo para la Autonomía de Gaza y Jericó, por el que Israel se retiró de parte de Gaza y también de Jericó. En esta ciudad se estableció la sede de la recién constituida Autoridad Nacional Palestina (en adelante, ANP), órgano análogo a un gobierno provisional pero subordinado de hecho a la OLP, con competencias en Gaza y Cisjordania limitadas por los acuerdos palestino-israelíes a los campos de la educación, sanidad, hacienda, servicios sociales, turismo y policía. Israel se reservó, sin embargo, las decisiones principales en materia de seguridad.
El acuerdo propició también la creación de un Consejo Autónomo con funciones parlamentarias elegido por sufragio directo. En calidad de presidente de la ANP, Yasser Arafat volvió en julio de ese año a vivir en tierra palestina tras 27 años de exilio. A su muerte fue sucedido en el cargo por Mahmoud Abbas (o Abu Mazen, como también se le llama), más dialogante que su predecesor.
La voluntad israelí de progresar en las negociaciones con los palestinos favoreció la obtención de buenos resultados con otro interlocutor. En octubre de 1994 Israel y Jordania firmaron un tratado de paz por el que se reconocieron mutuamente (el segundo estado árabe en tomar esta decisión, después de Egipto), acabando así 46 años de guerra entre ambos países.
El 28 de septiembre de 1995 se firmó en Washington el Acuerdo Provisional sobre Cisjordania y Gaza, en el que se estableció un calendario para el traspaso de poderes y responsabilidades a la ANP, con objeto de poner en práctica lo pactado en la «Declaración de principios» de septiembre de 1993. También se fijaron las formas de participación en elecciones de los palestinos de Jerusalén, Gaza y Cisjordania. Esta última región fue dividida en tres zonas (A, B, C) en las que se asignaron desigualmente las competencias de seguridad. En concreto, la seguridad de la zona A, donde se encuentran las principales ciudades palestinas (Jenin, Kalkiliya, Tulkarm, Naplusa, Ramallah, Belén y Hebrón), quedó encomendada a los palestinos; en la zona B, que abarca casi todas las demás poblaciones, Israel se reservó las principales competencias sobre seguridad; la protección de la zona C, constituida por los asentamientos y las bases militares israelíes, siguió dependiendo de Israel.
El 4 de noviembre de 1995 el proceso de paz sufrió la pérdida de Isaac Rabin, asesinado por un judío en Tel-Aviv. La crispación de radicales de ambos bandos, las matanzas realizadas por terroristas palestinos y las consiguientes represalias de las fuerzas de seguridad israelíes no han frenado, sin embargo, los intentos de avanzar en la solución del conflicto: Acuerdo de Alto el Fuego entre Israel y Líbano de 26 de abril de 1996, Protocolo para el Repliegue de Hebrón del 18 de enero de 1997, Memorandum de Wye River de 23 de octubre de 1998, Memorandum de Sharm el-Sheik (versión corregida de los Acuerdos de Wye Plantation) de 4 de septiembre de 1999, aprobación por el Gobierno de Israel de la Retirada del sur del Líbano tras 18 años de ocupación militar (la