В декабре 1990 г. произошло коренное изменение в системе органов власти в краях и областях. Были разделены функции Совета народных депутатов и их исполнительных комитетов88. В августе 1991 г. деятельность исполкомов была прекращена, на их основе стали создаваться администрации, которыми руководили главы администраций89. Главы администраций объявлялись правопреемниками исполкомов Советов. Назначать их (и освобождать от должности) поручили Президенту РСФСР. Постановление должно было действовать вплоть до принятия законов «об управлении краем, областью» и «об автономных областях, автономных округах»90. В октябре 1991 Указом Президента РФ Б. Н. Ельцина главой администрации Хабаровского края был назначен В. И. Ишаев91.
Одновременно Президент РСФСР вводит институт полномочных представителей в субъектах РФ, которые представляли Президента РСФСР в отношениях с представительными и исполнительными органами власти краёв, областей, … органами местного самоуправления, общественными объединениями и гражданами; <…> вносят Президенту РСФСР мотивированные предложения по отстранению от исполнения обязанностей должностных лиц органов исполнительной власти краёв, областей, … в случае нарушения ими законодательства РСФСР. Указом от 24.08.1991 г. Президент назначил в край своего полномочного представителя, бывшего народного депутата СССР – В. М. Десятова92. Таким образом, глава государства смог обеспечить политическое воздействие на региональные органы через политический институт полномочных представителей Президента РФ первоначально в субъекте РФ, а затем в субъектах РФ включённых в федеральный округ93.
Автономные республики в составе РСФСР начали борьбу за повышение своего статуса до уровня союзной республики, зачастую на грани сепаратизма, а края, области до статуса республики в составе РСФСР. Союзный центр, с целью успокоить националистические настроения в АССР, принимает закон о разграничении полномочий между Союзом ССР и субъектами федерации94 в соответствии с которым АССР получили статус государств в ранге субъекта федерации Союза ССР.
АССР принимают свои Декларации о государственном суверенитете95.
Так, Декларация Якутской-Саха АССР о государственном суверенитете96, закрепила положения о том, что «Конституция Якутской-Саха ССР уважает Конституцию РСФСР, Конституцию Союза ССР и обладает правом верховенства на территории республики