В 1497 г. новый португальский король Мануэль I Счастливый решил продолжить дело предков и отправить экспедицию на поиски морского пути в Индию. Трудно сказать, почему королевский выбор пал на двадцативосьмилетнего провинциального фидальгу Гама. Ведь особых заслуг к тому времени за ним не числилось. Видно, так уж повелось при дворе португальских королей, что руководство морскими экспедициями, часто в обход капитанов, уже успешно руководивших экспедициями в дальние страны, доверяли людям, не имевшим достаточного опыта. Однако можно с уверенностью утверждать, что Гама сумел-таки завоевать доверие короля. Иначе ему не поручили бы руководство экспедицией, на которую Мануэль возлагал очень большие надежды.
Хронисты того времени по-разному описывают то, каким образом будущий граф Видигейры получил назначение. Некоторые утверждают, что главой экспедиции вначале был назначен отец Гамы, но после его смерти поручение перешло к среднему сыну. Другие пишут, что ему пришлось заменить старшего брата Паулу, который отказался от командования, сославшись на слабое здоровье. Более привлекательной для большинства хронистов является версия о том, что король сразу остановил свой выбор на Васко, предложив ему взять одного из братьев в качестве капитана какого-нибудь из кораблей. Монарх будто бы остался очень доволен скромным поведением своего избранника, который пытался отказаться от командования в пользу брата, но в конце концов согласился. Довольный король якобы сказал: «Мое сердце говорит мне, что вы исполните мое поручение, поэтому распоряжайтесь всем по своему усмотрению, вам одному я даю все полномочия».
Молодой командующий занялся подготовкой к экспедиции. Он вникал в состояние кораблей, качество оснастки, погрузку запасов. Самолично набирал Гама и команду. Капитаном одного из кораблей в соответствии с советом короля он выбрал своего любимого брата Паулу. Возможно, таким образом он спасал его от серьезных неприятностей. Паулу умудрился в ссоре серьезно ранить судью города Сетубал и скрывался от закона. Король простил его, но дал понять, что делает это только в расчете на верную службу со стороны Васко.
Вечером 7 июля 1497 г. Васко да Гама вместе с братом Паулу и офицерами прибыл в церковь Св. Марии Вифлеемской в пригороде Лиссабона, построенную еще Генрихом Мореплавателем. Здесь они исповедовались в грехах и причастились. Утром, вскоре после рассвета, перед церковью стала собираться толпа. Родственники мореплавателей, матросы, солдаты, женщины в черных платках оплакивали смельчаков, отправляющихся в дальнее и опасное плавание. По словам хрониста Барруша, плачущих во время отплытия было так много, что берег перед церковью можно было назвать «Берегом слез». Васко да Гама был тронут таким проявлением сочувствия и даже