Wichtiger aber waren die Auswirkungen auf das Zusammenspiel der Mächte innerhalb des Deutschen Reichs. Denn nach der Entscheidung der deutschen Fürsten auf dem Regensburger Reichstag im Februar 1803 war die machtpolitische Konstruktion des „Heiligen Römischen Reichs deutscher Nation“ auf den Kopf gestellt. Der Zusammenhalt der geistlichen Fürsten und der in aller Regel loyalen Reichsstände ging ebenso verloren wie die das politische System stützende Reichskirche. Der antiklerikale Kurs, den Napoleon auch in Frankreich eingeschlagen hatte, beschleunigte den Untergang der Reichskirche in Deutschland, wodurch obendrein dem Kaiser eine wichtige innenpolitische Stütze genommen war. Im Laufe der kommenden Jahre verloren weitere kleinere Fürstentümer ihre Eigenständigkeit, so dass innerhalb kurzer Zeit aus einigen Hundert kleiner und kleinster Territorien eine überschaubare Zahl von mittelgroßen Staaten wurde. Mit dem „Reichsdeputationshauptschluss“ war eine Entwicklung angestoßen, die drei Jahre später zum Ende des „Heiligen Römischen Reichs deutscher Nation“ führte. Am 12. Juli 1806 gründeten nämlich Bayern, Württemberg, Baden, Hessen-Darmstadt, Nassau, Kleve-Berg und einige weitere Fürstentümer mit dem Erzkanzler Reichsfreiherr Karl Theodor von Dalberg den Rheinbund, der unter französischem Protektorat stand. Die Bundesmitglieder erklärten konsequenterweise am 1. August ihren Austritt aus dem Deutschen Reich und fungierten bei einem Friedensschluss am Ende des dritten Koalitionskrieges als eigenständige Völkerrechtssubjekte. Beim endgültigen Todesstoß für das „Heilige Römische Reich deutscher Nation“ musste Napoleon ein wenig nachhelfen, denn Kaiser Franz II., der bereits seit zwei Jahren als Franz I. Österreich regierte, legte erst nach der ultimativen Drohung eines französischen Einmarsches in Österreich am 6. August 1806 die römisch-deutsche Kaiserkrone nieder und erklärte das Reich für aufgelöst.
Fast tausend Jahre hat das „Heilige Römische Reich“ die Geschichte Europas geprägt. Anfangs war es getragen von der Idee, eine Fortsetzung des untergegangenen Imperium Romanum könne den in der Bibel prognostizierten Untergang der Welt verhindern. Aber im Verlauf der Jahrhunderte erwies sich dieser „Dachverband“ als ungeeignet, das machtpolitische Gegeneinander von Territorialfürsten und kaiserlicher Zentralgewalt aufzulösen. Das „Heilige Römische Reich“ wirkte altmodisch und schwerfällig, hatte keine eigene Macht, war auf die Zusammenarbeit mit den Landesfürsten angewiesen und war schließlich als Klammer über den inneren Gegensätzen eines bunten, europäischen Vielvölkergemisches gescheitert. Dem offenen Machtkampf zwischen Preußen und Österreich um die Vorherrschaft in Deutschland war das „Heilige Römische Reich deutscher Nation“ ohnehin wehrlos ausgeliefert. Aber das Ende des Reichs bedeutete den von Napoleon initiierten Anfang der neuzeitlichen deutschen Geschichte (Nipperdey, 1984).
Mit dem Eintritt in das französische Protektorat „Rheinbund“ wählten die deutschen Fürsten das kleinere Übel, denn der Verlust ihrer Unabhängigkeit wurde durch die Modernisierung ihrer Länder mehr als ausgeglichen. Viele Einwohner der Fürstentümer waren von den Ideen der Revolution begeistert oder standen ihnen zumindest wohlwollend gegenüber. Als nun in den Rheinbundstaaten Verfassungen nach französischem Vorbild erlassen, die Staatsverwaltungen neu organisiert und der Code Napoleon als bürgerliches Gesetzbuch eingeführt wurden, kam das den meisten Menschen entgegen. Fortan war das Zivilrecht zum ersten Mal einheitlich und vollständig geregelt. Das Gewohnheitsrecht, das mitunter von Ort zu Ort variieren konnte, wurde durch dauerhafte, eindeutige, für jeden geltende und für jeden verständliche Regeln abgelöst. Die Errungenschaften der Französischen Revolution galten jetzt auch in Deutschland: Die Freiheit der Person, die Gleichheit vor dem Recht, die Trennung von Kirche und Staat und die Garantie des Eigentums. Zudem wurden das Agrar-, Bildungs-, Wirtschafts-, Steuer- und Finanzwesen grundlegend reformiert. Die Okkupation deutscher Gebiete auf der linken Rheinseite hat vielen Menschen geschmerzt. Aber der Schmerz wurde durch den Import der Ideale der Französischen Revolution gelindert, was einen enormen Modernisierungsschub für die Länder des Rheinbundes, dem bis 1808 beinahe alle deutschen Staaten außer Österreich und Preußen angehörten, mit sich brachte. Dennoch wich die anfängliche Begeisterung für die neue Ordnung im Verlauf des 10jährigen französischen Protektorats dem Gefühl einer zunehmend als Bedrohung empfundenen Besatzung.
Denn für Napoleon stand der Export der Revolutionsideale erst an zweiter Stelle. Das war der Köder, mit dem er die Nachbarn darüber hinwegtäuschen konnte, dass er ihr Land als Auf- und Durchmarschgebiet für seine Großmachtspläne benötigte. Der „Rheinbund“ war eine lose Föderation. Alle Versuche, die Mitglieder straffer zu organisieren, scheiterten am Widerstand der größeren Südstaaten. So blieb der „Rheinbund“ ein französisches Protektoratsgebiet, das enorme Rekrutierungen zu leisten hatte: 1808 wurden bei einer Bevölkerung von 14,6 Millionen Einwohnern 119.000 Soldaten für die französische Armee ausgehoben. Das musste mit modernen Verfassungen belohnt werden, die eine Rückkehr unter die „preußische Willkürherrschaft“ ausschlossen (Nipperdey, 1984). Deshalb waren die Rheinbundstaaten fortschrittlicher als die beiden anderen „Deutschländer“ Österreich und Preußen. Trotzdem war die deutsche Mitte des Kontinents mit dem Ende des Heiligen Römischen Reichs deutscher Nation zur Verfügungsmasse der sie umgebenden Großmächte geworden. Die politische Strategie des französischen Kaisers war dabei ebenso klug wie einfach: das unter seinem Protektorat stehende dritte Deutschland sollte Bollwerk und Gegengewicht zu den anderen Deutschen in Preußen und Österreich sein, mit denen Frankreich nach der Neuordnung der Verhältnisse in der Mitte des Kontinents um die Vorherrschaft im restlichen Europa streiten wollte.
Französische Hegemonie in Europa
Der erste Stolperstein auf dem Weg zu einem franko-europäischen Superstaat war Österreich. Napoleon beschäftigte sich mit der Planung einer Invasion Großbritanniens, als es dem englischen Außenminister William Pitt „dem Jüngeren“ gelang, ein europäisches Bündnis gegen den Franzosen zusammen zu bringen. Hastig brachte Napoleon seine Truppen nach Süddeutschland, wo er das überraschte österreichische Heer am 20. Oktober 1805 nach einigen kleineren Schlachten zur Kapitulation zwingen konnte. Dem Sieg zu Lande folgte am 21. Oktober 1805 aber in der Schlacht von Trafalgar eine vernichtende Niederlage zur See gegen die britische Flotte unter Admiral Horatio Nelson. Damit war zwar die englische Vorherrschaft über die Weltmeere gesichert, aber Napoleons Elan blieb ungebrochen. Keine drei Wochen später marschierte er kampflos in Wien ein. Von dort organisierte er die Auseinandersetzung mit Russland und Österreich. Die Schlacht gegen eine russisch-österreichische Koalitionsarmee fand am 2. Dezember 1805 im südmährischen Austerlitz statt. Der Sieg, den Napoleon in dieser so genannten „Dreikaiserschlacht“ davontrug, ließ seinen Ruhm ins Unermessliche steigen.
Im Frieden von Preßburg, den Österreich am 26. Dezember 1805 unterzeichnen musste, ging die Neuordnung Europas im Sinne einer französischen Hegemonie weiter. Tirol und Vorarlberg, Augsburg und Passau gehörten fortan zu Bayern, Vorderösterreich wurde zu Gunsten Badens und Württembergs aufgeteilt, Venetien, Istrien, Cattaro und Dalmatien gehörte zum neu geschaffenen