Король Сигизмунд III, всегда недолюбливавший Вавель, не стремился его облагородить, а случившийся в замке страшный пожар и вовсе отбил у монарха охоту жить здесь. В 1609 году Сигизмунд переехал со всем двором в Варшаву, объявив ее новой столицей.
Следующий, XVII век принес Речи Посполитой одно лишь беспокойство, как то частая смена правителей, восстание украинских казаков и бесконечные войны с Турцией и Россией, которые сильно ослабляли государство. При короле Яне Казимире казачья вольница в полной мере ощутила свою силу и без боязни наказания призывала низшие сословия к мятежу. Вскоре шведские войска оккупировали практически всю Польшу. В 1655 году для Кракова начались тяжелые времена: шведы грабили город, вывезли из кафедрального собора 80 возов золота и драгоценностей, что привело к упадку и город, и его жемчужину Вавель.
В XVIII веке Краков поочередно занимали шведы, русские и прусские войска. В 1772 году Пруссия, Австрия и Россия совершили первый раздел Польши. Краков попал под влияние Австрии, получившей при дележе самый большой куш. Между тем усилившееся общественное движение за реформы вместе с ростом национального самосознания привело к тому, что вновь созданный Четырехлетний сейм 3 мая 1791 года принял новую конституцию. Согласно этому документу, Польша являлась наследственной монархией с министерствами и парламентом.
В 1793 году во второй раз делить польские земли взялись Пруссия и Россия, а в 1795 году уже в третий раз разделом занялась Австрия, в результате чего великое польское государство просто исчезло с географической карты. Несмотря на сложную ситуацию, поляки активно боролись за свою независимость, и в основном с помощью мятежей. Ярким представителем своего времени, пламенным борцом за свободу любимой страны и руководителем одного из наиболее действенных восстаний был Тадеуш Костюшко.
Предание о народном герое гласит, что, когда он родился в 1746 году в одном из глухих уездов Брестского воеводства, мать из-за отсутствия на тот момент отца окрестила ребенка сама, назвав его Андреем. Вернувшийся после долгой отлучки глава семейства, узнав об этом, не на шутку разгневался и отвез сына в костел, где окрестил его Тадеушем Бонавентурой, выбрав имя святого главы францисканского ордена, умершего более 500 лет назад. Вполне может быть, что эти два крещения повлияли на судьбу будущего героя, как известно, возглавлявшего представителей двух народов, а святое имя оберегало его от невзгод и подарило яркую, насыщенную событиями жизнь.
Выходец из шляхты, Тадеуш Костюшко провел свою юность, корпя над книгами в коллегии Любешова, а затем занимаясь тем же в Рыцарской школе Варшавы. Созданное Станиславом Понятовским, это заведение представляло собой академию, столь необходимую в те времена для подготовки грамотных командиров.