Sein Pontifikat stand zwar unter den Zeichen des Kampfes gegen die Türken, die das Abendland bedrohten, doch war er der erste Papst, der einem geradezu schrankenlosen Nepotismus huldigte. Seine anfängliche Zurückhaltung in dieser Hinsicht gab er 1456 auf. Im Februar 1456 wurden Rodrigo de Borja und sein Neffe Luis Juan de Milà zu Kardinälen ernannt.
Kalixt III. ernennt Enea Silvio Piccolomini zum Kardinal – Fresko von Pinturicchio
Bald zeigte sich, dass Kalixt III. in übergroßem Maß Verwandte und katalanische Landsleute förderte, was den ohnehin wenig volksnahen Spanier in Rom geradezu verhasst machte. Bereits 1457 wurde Rodrigo zum Vizekanzler der Kurie ernannt − einem Amt auf Lebenszeit, das als das wichtigste Amt nach dem Papst gilt und jedenfalls als das einträglichste der Kurie. Dazu wurde er zum Hauptmann der päpstlichen Truppen bestellt, während Pedro Luis die Kommandantur der Engelsburg und zahlreiche kirchliche Lehen übertragen erhielt.
Bald geriet Kalixt in einen Konflikt mit seinem früheren Förderer, dem König von Aragón, der als Alfons I. auch den Thron von Neapel innehatte. Während die Auseinandersetzungen eskalierten, sah der Papst im neapolitanischen König das Haupthindernis für sein größtes Anliegen, nämlich die Rückeroberung Konstantinopels und ein neuer Kreuzzug. Der König drohte dem Papst mit einem Konzil zu seiner Absetzung und der Papst mit dem Entzug des kirchlichen Lehens Neapel. Als Alfons auf dem Höhepunkt der Auseinandersetzungen am 27. Juni 1458 starb, verweigerte er dessen Sohn Ferrante (dem späteren König Ferdinand I.) die Krone und zog das Lehen ein. Sein Neffe Pedro Luis wurde mit den Vikariaten von Terracina und Benevent belehnt, die bislang der verstorbene König innehatte, dazu wurde er mit der Führung der Truppen im unausweichlichen Krieg gegen die Aragonesen betraut − das Königreich Neapel sollte, so Kalixt’ Absicht, seiner Familie zufallen. Rodrigo, als Alexander VI. später selbst Papst, sollte diese Idee für seinen Sohn Cesare Borgia neuerlich aufgreifen.
Als Ende Juli Kalixt schwer erkrankte, stürzte das Machtgeflecht der Borgia zusammen: Pedro Luis musste die Engelsburg übergeben, während die Orsini ihre verlorenen Kastelle zurückeroberten. Am 6. August 1458 starb Calixtus in Rom.
Er veranlasste eine Revision des Prozesses gegen Jeanne d’Arc, in deren Verlauf sie rehabilitiert wurde, und sprach den Dominikaner Vicente Ferrer heilig, der ihm einst die Papstkrone vorhergesagt hatte.
Kalixt III. war nicht nur ein hervorragender Jurist, sondern auch den Glaubensanliegen verpflichtet, wie sein Engagement in Sachen Konstantinopel beweist. Er führte ein einfaches Leben, war jeder Prunksucht abgeneigt, hielt eine einfache Tafel und hatte keine Affären, und auch keine Kinder, was ihn aus der Vielzahl geistlicher Würdenträger der damaligen Zeit heraushob. Dies alles war auch ausschlaggebend für seine Wahl, dazu war er bereits alt. Auch hatte er als Kardinal seine Verwandten nicht mehr als üblich gefördert.
Den gewählten Päpsten wurde zugestanden, zumindest einen Verwandten zum Kardinal zu erheben, und auch die Belehnung von Verwandten mit kirchlichen Lehen und die Vergabe von einträglichen Pfründen war durchaus üblich und wurde akzeptiert. Da er bis zu seiner Papstwahl keinerlei Anzeichen der damals üblichen Macht- und Geldgier zeigte, meinte man, Alonso werde seine Zurückhaltung auch als Papst beibehalten.
Tatsächlich enthielt sich Kalixt weiterhin aller Affären oder eines aufwendigen Lebenswandels, nicht jedoch des Nepotismus. Auch seine Vorgänger − etwa Bonifaz VIII., der seine zahlreiche Verwandtschaft mit einer Vielzahl von Lehen bedachte − huldigten diesem Prinzip, doch keiner tat es so aggressiv wie Kalixt. Kleinere, erbliche Güter den Verwandten zukommen zu lassen, war durchaus verbreiteter Brauch. Zum ersten Mal aber sind unter Calixt die Bestrebungen des Papsttums darauf ausgerichtet, einem Papstnepoten ein über eine Grafschaft hinausreichendes Herrschaftsgebiet (in diesem Falle das Königreich Neapel) zu verschaffen. Mit dem Jahr 1458 beginnt eine Phase des Nepotismus, die man als territorialen Nepotismus bezeichnen kann. Für alle nach ihm folgenden Päpste sind die Mauern des Anstandes und der Selbstbeschränkung eingerissen. Sie werden in Zukunft auch nicht vor Mord oder Kriegen für die Güter ihrer Nepoten zurückschrecken.
Und mit einem Gerücht musste er, wie auch später sein Neffe Rodrigo immer kämpfen, dass die Borgias ein Judengeschlecht waren. Der Verdacht, die Borgia könnten Anhänger einer von der christlichen Kirche bekämpften Religion sein, hat schon die Fantasie ihrer Zeitgenossen stark beschäftigt. Dies umso mehr, als die getauften Juden in Spanien eine sehr bedeutende Rolle spielten.
Doch es gibt für diese Annahme nicht den geringsten Beweis.
Welches Blut auch immer in den Adern der Borgia geflossen sein mag, eines steht mit Sicherheit fest: Die Borgia waren nach ihrer ganzen Mentalität und ihrem Selbstverständnis Spanier. Sie sprachen untereinander spanisch. Selbst in der Öffentlichkeit unterhielt sich Alexander, besonders wenn er freudig erregt war, mit seinen Kindern auf Spanisch. Spanisch war fast die gesamte engere Umgebung der Borgia, von den Leibgarden Alexanders und Cesares über Hauslehrer und Hofstaat bis hin zu Michelozzo, dem berüchtigten Meuchelmörder in Cesares Diensten.
Spanisch waren der ausgeprägte Sinn der Borgia für prunkvolle Hofetikette, Lucrezias Vorliebe für spanische Mode und Tänze, ebenso wie ihre Begeisterung für den Stierkampf. Rodrigo brachte den spanischen Nationalsport nach Rom, Cesare in die Romagna. Nach mehreren Todesfällen wurde er aber wieder abgeschafft.
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Kehren wir zu Rodrigo zurück. Dem weiblichen Geschlecht war er trotz seiner Kirchenwürden sehr zugetan und verbarg dies – typisch für die Renaissance – kaum vor der Öffentlichkeit. Dass der freizügige Lebenswandel, bei vielen der zeitgenössischen Prälaten üblich, durchaus auch in der Kurie auf Widerspruch stieß, ist durch ein Schreiben Papst Pius’ II.2 – den Nachfolger seines Onkels als Papst - dokumentiert, in dem er den jungen Prälaten wegen seines Sexuallebens rügte.
Und das geschah folgendermaßen: Gleich nach seiner Wahl berief Pius daher einen Fürstenkongress ein, der ein einheitliches Vorgehen der Christenheit gegen die Türken zum Ziel hatte. Dieser fand in Mantuas statt. Der Vizekanzler der Kirche Rodrigo tauchte in den Berichten über den Kongress nur einmal auf. Borgia war offensichtlich der Auffassung, dass der Verzicht auf die Annehmlichkeiten Roms kein Grund sei, auf jede Art von Vergnügung zu verzichten. Er nahm sich den mantuanischen Hof zum Beispiel, zu dessen Hauptvergnügen im Sommer Ruderpartien auf den ausgedehnten Gewässern und Kanälen der Umgebung zählten. Im Verein mit den Kardinälen Colonna und dEstouteville besorgte er eine Barke, die mit ihren Sängern und Musikanten bald zu einer geschätzten Bereicherung der Bootspartien wurde. Pius II. schien diese Art von Freizeitgestaltung seiner Kardinäle dem Anlass dieses Kongresses alles andere als angemessen, und er brachte dies auch deutlich zum Ausdruck.
Die so gerügten geistlichen Weltmänner scheinen aber nicht nur mit ihrer Barke, sondern auch durch ihr Auftreten bei den im Sommer so zahlreich stattfindenden Gesellschaften in den Lustschlössern an den Ufern der Wasserwege Eindruck gemacht zu haben.
Papst Pius II. unter einem Baldachin, geschmückt mit seinem Wappen; Fresko von Pinturicchio
Und ein weiterer Rüffel ist in den Analen verzeichnet: Seine Vorliebe für das schöne Geschlecht war an der Kurie notorisch. Pius richtete dann auch ein zornentbranntes Schreiben 1460 an den damals neunundzwanzigjährigen Kardinal:
Es sei ihm zu Ohren gekommen, dass er auf einem Gartenfest zu Siena wie ein liebestoller Galan in Erscheinung getreten sei; Auftritte dieser Art solle er bitte im Interesse seiner eigenen Reputation und der Würde des Heiligen Stuhls