Вторым источником формирования резерва становится институт вольноопределяющихся флота. До 1870 г. на флот поступало до 50 офицеров из юнкеров и унтер-офицеров. Ведь в период с 1857 по 1874 гг. основным принципом комплектования состава вольноопределяющихся был сословный: принимались только дети дворян, с 1872 г. – также дети штаб- и обер-офицеров, чиновников и потомственных граждан. Срок службы их устанавливался в 2 года, после чего претендент сдавал экзамены при Морском корпусе или Техническом училище Морского ведомства и производился в гардемарины (либо кондукторы), затем сдавал дополнительный экзамен и производился в мичманы. В случае несдачи экзаменов он получал звание унтер-офицера и увольнялся в резерв. При этом увольнение в запас поощрялось и приветствовалось. С 1874 г., в связи с принятием Устава о воинской повинности и с реформой военно-морского образования, институт вольноопределяющихся формировался только из претендентов, имеющих законченное высшее образование. Порядок их приема был определен приказом генерал-адмирала.
Отсутствие высших учебных заведений на Дальнем Востоке и незначительное число возможных претендентов из числа приезжих не позволяли реально организовать такой институт при Сибирской флотилии.
До этого времени торговый флот в значительной степени комплектовался за счет офицеров военно-морского флота. Русско-турецкая война 1877—1878 гг. показала недостаточность подготовки офицеров резерва. В 1877 г. было принято Положение о прапорщиках запаса флота, предусматривающее подготовку из капитанов дальнего плавания и штурманов дальнего плавания резерва флотских офицеров. Дальнейшим его развитием стало «Временное положение о прапорщиках запаса флота», объявленное приказом по Морскому ведомству №53 от 4 апреля 1896 г.
Положение предусматривало производство в чин прапорщика находящихся в запасе флота нижних чинов, окончивших курс мореходных классов, имеющих звание шкипера дальнего и каботажного плавания, штурмана дальнего плавания, а также судовых механиков (после сдачи льготного экзамена). В случае призыва в военное время эта категория резервистов имела право занимать обер-офицерские должности на кораблях военного флота. Для производства в подпоручики было необходимо сдать экзамен в объеме звания гардемарина, а поручика –