10 квітня 1956 року Шелест провів перше організаційне засідання Комісії, заслуховували повідомлення представників МВС, суду і прокуратури Київської і Вінницької областей. У цих областях в ув’язненні знаходилося близько 200 тисяч осіб. Комісії належало завершити роботу до 1 жовтня 1956 року. У визначений строк, звичайно, не вклалися, тому Президіум Верховної Ради СРСР подовжив повноваження Комісії ще на три місяці. За вісім місяців роботи розглянули 150 350 справ, 8500 осіб звільнили негайно, останнім скоротили строк ув’язнення. «Доводилося, – згадував Петро Шелест, – працювати по 15–16 годин на добу – це була дуже утомна і виснажлива робота… Мені довелося побувати в усіх місцях ув’язнення, у в’язницях, загальних камерах і одиночках, у таборах особливого режиму і в дитячих трудових колоніях… Особисто для мене час роботи в Комісії виявився великою школою життя, морального гарту й аналізу, що відбувається в людському суспільстві. Деякі факти розгляду справ за своїм кричущим порушенням елементарної законності і прав громадян запам’яталися мені на все життя».
У період роботи в Київському обкомі у Шелеста відбулася, схоже, перша сутичка з Володимиром Щербицьким, який працював секретарем ЦК Компартії України й опікав важку промисловість. Річ у тім, що ще в 1957 році у Петра Юхимовича виникла ідея побудувати сучасне село зі всіма міськими вигодами, створити свого роду матрицю для забудови інших сіл області. І таким селом вирішили зробити Ксаверівку на трасі Київ – Одеса. У 1958 році будівництво почалося. Частину грошей дали колгоспи і колгоспники, а частину – взяли в банку як кредит. Як тільки все запрацювало, Шелест відчув прохолодне до себе ставлення. У ЦК Компартії України і в Раді Міністрів УРСР допомоги ніякої не надавали. І ось одного разу на партійній нараді Шелеста почали звинувачувати в тому, що він виділяє для будівництва сучасного колгоспного села державні ресурси, метал, труби, цеглину, залізобетон, асфальт, електропроводи тощо. Якраз, за словами Шелеста, найбільшу завзятість проявив у розмові Володимир Щербицький: «Розмова отримала