Проте хвороба, пов’язана з перенесеною травмою хребта, прогресувала, з’явилися ознаки паралічу нижніх кінцівок. У травні 1941 року до Харкова приїхав відомий нейрохірург Микола Бурденко. Він три години оперував дружину Шелеста, а потім повідомив його, що біль буде полегшений, але надії на одужання мало, оскільки у Люби – саркома хребта. «Бурденко, його колеги-лікарі, присутня тут же майбутня супутниця всього мого життя – Іраїда Павлівна Мозгова, намагалися якось мене утішити, підтримати мій моральний дух… Удень за роботою якось відсовувалося моє горе, але ночами мене мучив безнадійний стан Люби, доля моїх дітей».
Забігаючи наперед, скажемо, що в січні 1942 року після декількох років важкої хвороби Любов Банна померла. У квітні того ж року Шелест одружився на Іраїді Мозговій, яка виростила і виховала його синів Бориса і Віталія. Шлюб Петра Юхимовича та Іраїди Павлівни, за першим чоловіком Попової, був зареєстрований у Радянському районному загсі міста Челябінська. Там Петро Шелест опинився на початку війни Радянського Союзу і нацистської Німеччини.
Уже коли почалася війна, 1941 року в Харкові Шелест зустрівся з Микитою Хрущовим. Це відбулося в кабінеті тодішнього першого секретаря Харківського обласного комітету партії Олексія Єпішева. Хрущов дав Шелесту доручення летіти літаком до Тули, де йому належало ознайомитися з технологією та організацією виробництва знаменитих радянських автоматів ППШ, отримати креслення на військовому заводі і в Харкові налагодити виробництво цих автоматів. Хрущов тоді пояснив: «Питанням цікавиться товариш Сталін. Німці часто своєю тріскотнею з автоматів наводять паніку, нам треба мати свої автомати».
Шелест, хоч і не без пригод, завдання виконав, долетів до Тули і повернувся, що в умовах військових дій було дуже складно. За найкоротший термін в Харкові налагодили виробництво автоматів ППШ. Оскільки основні оборонні підприємства були вже евакуйовані, а решта знята з фундаментів і знаходилася на вантажних майданчиках, виробництво автоматів почали в механічних майстернях трамвайного депо. Диски і магазини робили на патефонному заводі. Виготовили експериментальну серію автоматів, випробували, а через декілька днів у механічні майстерні влучили дві німецькі бомби.
Незабаром із Харкова довелося евакуюватися. Містом евакуації був Челябінськ. Туди поїхала Іраїда Мозгова, колишній чоловік якої свідомо виїжджати не хотів, розраховуючи, за її словами, на співпрацю з німцями. На той час, як згадувала пізніше Іраїда Павлівна, вона вже з чоловіком розійшлася, хоча жили вони ще в одній квартирі. Шелест попросив Мозгову допомогти йому і його хворій дружині супроводжувати синів Бориса і Віталія.