С 1860 года Амосов служит инспектором кораблестроительных работ Кронштадтского порта, не оставляя инженерной деятельности. В частности, им в этот период спроектирована система дублирования трюмно-балластной и противопожарной систем кораблей.
В 1844 году Амосова производят в полковники, в 1853 году – в чин генерал-майора, в 1864 году – в чин генерал-лейтенанта, наконец, в 1872 году он получает чин инженер-генерала и возглавляет Корпус корабельных инженеров.
В 1873 году И. А. Амосов оставляет должность инспектора кораблестроительных работ Кронштадтского порта, потому что его назначают в состав Адмиралтейств-совета – высшего совещательного органа при Морском министре.
Скончался славный российский кораблестроитель 1(13) июня 1878 года в Санкт-Петербурге. Был похоронен на Большеохтинском кладбище, последнем приюте всех, именитых и безвестных, тружеников Охтинской верфи. Могила Ивана Афанасьевича Амосова не сохранилась.
Церковь Святого Георгия Победоносца на Большеохтинском кладбище. Строилась с 1817 по 1860 гг. Архитекторы К. И. Брандт, К. А. Кузьмин. Не сохранилась
От закладки до тимберовки
Гора, что горизонт на суше закрывала, Внезапно с берегу на быстрину сбежала, Между палат стоит, где был недавно лес; Мы веселимся здесь в средине тех чудес. Но мы бы в лодочке на луже чуть сидели, Когда б великого Петра мы не имели.
23 ноября 1833 года на Охтинском адмиралтействе под руководством Ивана Афанасьевича Амосова была заложена «Аврора», которая стала одним из 34 фрегатов проекта «Спешный». Фрегаты этого проекта оказались настолько удачными, что их строили с 1 800 по 1844 годы самой многочисленной серией в русском парусном флоте. Головной корабль вышел с архангельской Соломбальской верфи в 1801 году. Его спроектировал и построил известный корабельный мастер, земляк Амосова Гавриил Игнатьев. Есть сведения, что Игнатьев в конце XVIII века бывал в Англии, знакомился с достижениями передовой британской кораблестроительной отрасли. Некоторые исследователи указывают на сходство проекта (размерения, обводы корпуса) «Спешного» с проектами французского фрегата «Помона», а точнее, с проектом построенного по образцу «Помоны» английского фрегата «Эндимион».
Спуск клипера «Крейсер» из эллинга Нового адмиралтейства 29 августа 1875 г.
Документы о постройке фрегата хранятся в РГА ВМФ (Ф. 327. Оп. 1). Скончавшийся в прошлом году известный энтузиаст судомоделизма и истории судостроения Александр Алексеевич Добренко работал с ними в архиве и сделал вывод, что «Аврора» строилась по чертежу фрегата того же проекта «Диана» (заложена на верфи Охтинского адмиралтейства 3 декабря 1832 г.; этот фрегат не следует путать с более крупным одноимённым фрегатом, построенным позже), а собственного «авроровского» теоретического чертежа не существует. В РГА ВМФ есть теоретический чертеж «Дианы» (Ф. 327. Оп. 1. Д. 1231).
Спуск