Ещё Леопольд II, в феврале 1792 года, заключил союзный договор с Пруссией против Франции; в апреле Франц начал войну и вел её не без настойчивости, в качестве монарха как Австрии, так и Священной Римской империи, даже после того, как Пруссия заключила с Францией сепаратный мир в Базеле (5 апреля 1795 года). В 1794 году Франц отправился в действующую армию, которая вслед за тем одержала две незначительные победы при Като и Ландреси, приписанные его присутствию. После нерешительной битвы при Турнэ, в июне 1794 года, Франц вернулся в Вену. Победы генерала Бонапарта в Италии принудили и Франца к невыгодному миру в Кампоформио (17 октября 1797 года), по которому Австрия потеряла Нидерланды и Ломбардию, но получила Венецию, Истрию и Далмацию.
При третьем разделе Речи Посполитой (1795 год) Австрия получила западную Галицию. В 1799 году Франц присоединился ко второй коалиции (с Россией и Англией) против Франции, но поражения при Маренго и Гогенлиндене принудили его согласиться на крайне тяжелый для Австрии Люневильский мир.
Когда Наполеон стал явно стремиться к провозглашению Франции империей, раньше, чем оно состоялось, Франц провозгласил себя императором Австрии (11 августа1804 года).
В 1805 году он с радостью присоединился к Третьей коалиции России, Швеции и Англии против Франции. Приближение французов к Вене принудило его бежать оттуда сперва в Пресбург, потом в Брюнн, затем в военный лагерь в Ольмюце, оставляя столицу французам. 23 сентября французы заняли Вену, а 29 сентября Франц вступил с ними в переговоры о мире, не прекращая, однако, военных действий. 2 декабря 1805 года произошла знаменитая Аустерлицкая битва трёх императоров, в которой принимал личное участие и император Франц, оказавшийся так же мало способным понимать стратегические соображения Наполеона, как и его генералы. 26 декабря 1805 года он заключил Пресбургский мир, по которому ему пришлось пожертвовать Тиролем и Венецией. 6 августа 1806 года он отрекся от короны Священной Римской империи.
Урон Австрии в последней войне был так тяжел, что в новом союзе Пруссии с Россией и войне 1806—1807 годов Франц не был в состоянии принять участие, несмотря на то, что его ненависть к Франции и к Наполеону, как носителю революционных начал, нисколько не уменьшилась. Он нашёл возможность удовлетворить это чувство в 1809 году, в четвёртый раз объявив войну Франции (Война Пятой коалиции), но поражение при Ваграме заставило его заключить Шенбрунский (Венский) мир (14 октября 1809 года), по которому Австрия потеряла Иллирию и достигла апогея своих несчастий.
Лично Франц подвергся ещё одному унижению: Наполеон потребовал руки его