В предвоенные годы западную границу СССР прикрывали: 6-й, 9-й, 10-й, 12-й, 105-й, 106-й, 107-й пограничные отряды. В приграничных районах в это время дислоцировались 11 полков оперативного назначения, четыре дивизии войск НКВД по охране железнодорожных сооружений, одна дивизия и две бригады конвойных войск. Из состава частей оперативного назначения в Прибалтике борьбу с профашистскими националистическими формированиями вели 1-й, 3-й, 5-й мотострелковые полки. Общая численность пограничных частей, частей оперативного назначения и других войск НКВД составляла около 100 000 человек[8].
Однако, несмотря на столь значительные силы и результативность действий органов НКГБ, военной разведки и контрразведки, войск НКВД, многие шпионы, диверсанты, националистического толка банды уцелели. Одной из причин неудач в борьбе с враждебным и преступным элементом в Прибалтике являлась слабо развитая агентурная сеть на местном уровне: в войсках НКВД она отсутствовала как таковая, не хватило времени на ее создание. В пограничных войсках она имелась, но лишь в интересах охраны государственной границы. В приграничных районах операции по ликвидации диверсионных групп и враждебны вооруженных формирований велись по большей части без оперативной осведомленности о положении дел, сугубо войсковыми методами. Потому многие из бандгрупп оказались не обнаруженными, сумели подготовиться и с началом войны приступили к активным действиям.
Оперативную обстановку в Прибалтике и Западных приграничных районах страны к началу войны можно характеризовать наличием значительного количества вооруженных враждебных СССР формирований (политический бандитизм), пользующихся, в подавляющемся большинстве, поддержкой местного населения, малым количеством бандформирований криминального толка, наличием лесных массивов, способных укрывать большие и малые националистические группы и организации, вражеских шпионов, диверсантов.
После первых же выстрелов на границе обстановка в тылу фронтов резко обострилась, в первую очередь, в результате активной деятельности оставшихся не репрессированными националистических групп. Местами еще за один-два часа до начала боевых действий националистическим формированиям удалось во многих местах спилить столбы и порвать линии проводной связи в звеньях «дивизия – корпус – армия», совершить ряд диверсий на железнодорожных станциях,