Кокандцы дрогнули и стали отступать. Один из конных отрядов Черняева, бросился за ними и попытался на плечах противника ворваться в Ташкент со стороны Сибзарских ворот. Когда об этом узнали в городе, тотчас же кокандские ополченцы, захватив военное снаряжение, бросились бежать и через реку Чирчик устремились в Коканд. Ташкентцы же в это время никакой поддержки кокандцам не оказали. В большинстве своём они оставались дома. Весть о гибели Алимкула стала причиной упадка духа защитников города и массового дезертирства с поля боя.
В этом бою погибло около 300 кокандских воинов. У Черняева потерь не было.
В ночь на 10 мая командир кокандского гарнизона и с ним 200 человек также покинули город. Ташкент для Коканда был потерян навсегда, но и русским не стал. Черняев не решился на штурм.
В Ташкенте наступило безвластие. Кокандцы ушли, но и Черняев не вошел в город. Разгромив армию Алимкула, русский отряд вновь отошёл к Шор-тепа, и оставался там до 17 мая, не предпринимая никаких решительных действий.
Почему же Черняев медлил и не воспользовался бегством кокандских войск, чтобы попытаться овладеть городом? Сам он позже объяснил это тем, что «не имел указаний из Петербурга», но, думаем, эта причина второстепенна. Скорее всего, он надеялся, что в Ташкенте верх возьмёт «прорусская» партия, ему откроют ворота и таким образом можно будет избежать лишних потерь. Вот, что писал Черняев в рапорте от 11 мая:
«Хотя в этот момент, может быть, и возможно было занятие города, но я не мог рисковать последним своим резервом, и, имея в виду, что, во всяком случае занятие это не могло бы стоить нам дешево, я, окончив преследование, возвратился в лагерь и решил остаться до времени на той же позиции с тем, чтобы вблизи Ташкента наблюдать за событиями в самом городе и, если возможно, воспользоваться первым же случаем его занять».
Ожидания Черняева на бескровное занятие Ташкента не оправдались. В городе победила «пробухарская» партия. Знатью и духовенством был избран новый правитель Ташкента – молодой Султан Сеид и послан гонец к эмиру Бухары с просьбой о покровительстве и защите. Таким образом промедление Черняева привело к тому, что военно-политическая ситуация в регионе резко изменилась.
7 июня вновь была совершена попытка штурма. И вновь она не удалась – не смогли перетащить артиллерию через попавшийся на пути большой овраг.
Черняев прекрасно понимал, время работает не на него, медлить было нельзя, и 14 июня с наступлением ночи штурмовые группы выдвинулись к городским воротам. Колёса орудий были обёрнуты войлоком, с верблюдов были сняты штурмовые лестницы и в половине третьего ночи головной отряд, подкрался к самой стене. Часовой, увидев русских, бежал через проход, замаскированный