После этой неудачи Черняев отступил к урочищу Минг-Урюк и разбил лагерь близ саларского моста на Куйлюкской дороге.
Вскоре стало известно, что к Ташкенту двигаются войска во главе с самим муллой Алимкулом, регентом при малолетнем хане Султан-Сейиде. Не подготовленному к зимней военной кампании отряду Черняеву пришлось вернуться в Чимкент.
Неудача первого похода на Ташкент произвела разное впечатление на жителей города. Если кокандская группировка восприняла неудачу Черняева с нескрываемой радостью, то многие другие восприняли её совершенно по-иному. По свидетельству современника тех событий, летописца Мухаммеда Салиха Кори Ташкенди, после отступления русского военного отряда, около 3000 ташкентцев бежали из города в занятые русскими города – Туркестан, Чимкент, Сайрам и Аулие-Ату.
Кто были эти люди? По свидетельству Мухаммед Салиха, это ташкентцы, «деды и потомки которых никогда не состояли и не состоят на государственной и султанской службе», «любящие имущество – зажиточные купцы, торговцы, лавочники», «люди базара», а также «множество и большинство потомственных ташкентцев, известных людей вилойята – таких, как Садык Магзум ибн Ишан Вали из Кукчи, Магзум Хаким ибн Мулла Атаулла из Шейхантаура и прочие».
25 ноября 1864 года к Ташкенту подошли кокандские войска, где их торжественно встретили городская знать и духовенство и через неделю в городе «услышали барабан, бьющий сбор на газават, – записал Мухаммед Салих. Однако, поход Алимкула к Чимкенту был неудачен. Наступили холода, выпал обильный снег, а поскольку кокандская армия была по преимуществу конной, то кормить лошадей стало нечем. Кроме того, в бою под Иканом, сотня казаков трое суток удерживала 5-тысячную армию Алимкула, и это, очевидно, также повлияло на решение возвратиться назад.
Алимкул прекрасно понимал, что Черняев не оставит попыток овладеть Ташкентом, тем не менее, отдав распоряжение об укреплении крепости, он вместе с войском возвращается в Коканд.
Всю зиму Черняев готовился к весеннему походу. Ему удалось вступить в переговоры с «прорусской партией» ташкентцев, во главе с одним из богатейших жителей города Мухаммедом Саат-баем, много лет торговавшим с Россией. В конце 1864 года из Ташкента в Чимкент бежал ещё один влиятельный ташкентец – видный сановник Абдуррахман-бек, управлявший восточной частью города. Он дал подробную информацию о городских укреплениях.
Третьей влиятельной силой в Ташкенте было мусульманское духовенство, которое стремилось передать Ташкент под власть Бухарского