Després de les converses amb Montañés aviat es va fer palès el neguit dels pacients que reclamaven drets que aleshores els hi estaven vetats, com ara llegir sense restriccions la premsa o rebre una dieta més abundant. El conflicte que van provocar els malalts de Fontilles va arribar al Parlament, on el diputat d’Acció Republicana José Sánchez Covisa va intervenir per demanar una inspecció del sanatori davant el que qualificava de «deplorable organización del centro». El diputat va tenir una intervenció parlamentària on afirmava que «No hace muchas horas ha estado en Madrid el médico Director de la Institución [Mauro Guillén] para decir que en los 180 enfermos acogidos allí, hay un espíritu de indisciplina absoluto, por lo que venía a pedir defensa contra esta indisciplina».23 El conflicte estava servit.
En la resposta parlamentària a Sánchez Covisa feta per Santiago Casares, aleshores ministre de la Governació, va comprometre’s a fer una investigació. Com a conseqüència del conflicte, Emilio Ferragud va rebre la comanda de fer la inspecció del sanatori de Fontilles i informar de les seues conclusions a les autoritats de Madrid. El 25 d’octubre de 1931, Ferragud va visitar Fontilles per encàrrec del govern i el 7 de novembre va tornar per reunir-se amb Joaquín Ballester, president de la junta de govern del patronat de Fontilles, arran de les denúncies fetes per escrit pels malalts interns, que s’havien organitzat amb la creació d’una «Unión de Enfermos de Fontilles». Les reivindicacions dels malalts recollien queixes diverses, en particular relatives a les limitacions en la seua llibertat de rebre o enviar cartes sense que foren prèviament censurades o rebre aliments, llegir diaris, i millorar les lamentables condicions de vida. L’argument de la direcció del centre es fonamentava en defensar que les mesures restrictives tenien com a objectiu evitar que el contacte amb objectes, cartes, etc… provocara la transmissió contagiosa de la malaltia.
L’actitud que des de l’inici va guiar la intervenció d’Emilio Ferragud va ser la de buscar una solució diplomàtica. Va intentar negociar un canvi en el reglament i en les normes de funcionament intern del sanatori. A finals de novembre de 1931 es va reunir de nou amb Joaquín Ballester i li va traslladar les reivindicacions dels ingressats, que afirmaven literalment:
[…] que no quieren estar en un sanatorio que se sustenta de limosnas, pues el ciudadano tiene derecho a que el estado le atienda; que no quieren al médico D. Mauro Guillen ni a su auxiliar D. Pedro Albal ni a nadie de los que mandan en Fontilles, y que en esto no transigen en modo alguno; que desean saber el dinero de que dispone el sanatorio y los naranjales que posee en Alcira, de los cuales ellos no comen naranjas, como tampoco comen miel de las colmenas que se tiene en Pego.24
Després de les primeres converses mantingudes entre Ferragud i Ballester, el 30 de novembre va visitar Fontilles l’inspector general d’Institucions Sanitàries, el reputat malariòleg Sadí de Buen, acompanyat d’Emilio Ferragud, en condició de director de l’IPH d’Alacant. Després d’una primera visita a les instal·lacions, l’endemà De Buen i Ferragud mantingueren una reunió de tres hores amb els malalts. Abans de marxar, De Buen i Ferragud ordenaren que calia donar llibertat de lectura als malalts i que els conflictes interns s’havien de resoldre no amb càstigs i reclusions, sinó denunciant davant el jutge qualsevol conducta immoral o delictiva. La documentació que hem pogut consultar indica que va ser una visita correcta, però en cap cas cordial. Les distàncies ideològiques i en la concepció de l’assistència sanitària van fer que hi hagués una relació més aviat freda entre els responsables republicans i els dirigents catòlics del sanatori. Poc desprès, la direcció de Fontilles va decidir renunciar al suport de l’Estat per tal de mantenir la seua llibertat i el mateix reglament de funcionament, com a institució privada que era. Aquesta actitud de desafiament, contrària a les instruccions emanades de les autoritats sanitàries va tensar encara més les relacions. Finalment, el govern no va acceptar aquesta solució i el conflicte va acabar amb la confiscació del sanatori per part del govern de la República, segons es va anunciar el 24 de gener de 1932 mitjançant un decret publicat en la Gaceta. Després de la resolució legal del conflicte i de la publicació del decret de confiscació, la junta de govern del sanatori va impugnar la mesura confiscatòria, que finalment es va fer efectiva el maig de 1932. De fet, el director general Sadí de Buen, el diputat Sánchez Covisa, el delegat del govern Alberto Ortega i l’inspector provincial de Sanitat Emilio Ferragud es personaren en el sanatori de Fontilles per efectuar la intervenció, demanant els llibres de comptabilitat i bloquejant els comptes bancaris de l’entitat. Amb la confiscació l’administració sanitària buscava una nova orientació basada en una major professionalitat assistencial, atenció a la recerca de laboratori sobre la lepra i millor coordinació amb les altres institucions sanitàries nacionals. Pablo Montañés va asumir la direcció del sanatori fins a juliol de 1934.25
DUBTES I CONTRADICCIONS D’UN FINAL TRÀGIC
Els darrers dies de la vida d’Emilio Ferragud Folqués van estar marcats pel cop militar de juliol de 1936, la inestabilitat social subsegüent i l’esclat del conflicte civil. El seu destí tràgic ha quedat enfosquit per la manca de documentació o d’informació fidedigna sobre les circumstàncies que envoltaren el seu decés. El dilluns 25 de gener de 1937, el diari republicà d’Alacant El Luchador, fundat per Juan Botella Pérez el 1912, publicava una columna titulada «Suicidio. El doctor Ferragut», on explicava que Emilio Ferragud havia estat trobat mort per la policia a casa seua:
Efectivamente, en el domicilio yacía sobre el lecho el cadáver del doctor don Emilio Ferragut Folqués y echado sobre su cuerpo aparecía un abrigo. A su lado había unos inyectables de morfina con los cuales se había dado muerte y una pistola con una bala en la recámara, suponiéndose que no se determinó a dispararse un tiro y prefirió una muerte lenta, la cual databa ya de cinco o seis días.
El jutge Rosser, el forense Hurtado i l’actuari Marín es personaren al lloc del succés per instruir les diligències i practicar l’alçament del cadàver i el seu trasllat al dipòsit judicial. Mai es varen aclarir les circumstàncies que envoltaren la seua mort ni les causes de l’aparent suïcidi, una explicació que la família mai va acceptar, atès que mai han trobat causes psicològiques, econòmiques o polítiques que el feren plausible. La família continua pensant que Emilio Ferragud va ser assassinat, però els testimonis contradictoris no ajuden a aclarir-ne les causes de la mort. De fet, la memòria familiar indica que Emilio Ferragud havia enviat la família a França en iniciar-se la guerra per tal que tingueren unes condicions de vida més segures, mentre que la nota de premsa diu que «La familia del finado se encontraba actualmente en Torremanzanas de temporada». La certificació literal d’inscripció de defunció que es conserva al Registre Civil d’Alacant ratifica la informació apareguda a la premsa.
Segons consta en l’ofici de l’inspector provincial de Sanitat d’Alacant de data 27 de gener de 1937 dirigit al subsecretari del Ministeri de Sanitat i Assistència Social,26 Emilio Ferragud Folqués havia estat destituït del càrrec