Indudablemente, con los ya citados Kiesewetter, Köchel y Ambros, también se encuentran, en la primera fase de historiografía crítica de la música, eruditos de confesión católica, si bien todos sin excepción en Austria (habría que mencionar aquí también a Eduard Hanslick –Praga, 1825-Baden bei Wien, 1904–, importante como crítico y en el ámbito de la estética de la música, también jurista de formación, que, por otro lado, provenía de familia judía por parte de madre). Sin embargo, llama la atención la escasa presencia de representantes católicos de la disciplina, tanto en el Imperio alemán como en el Imperio austro-húngaro. En el Imperio alemán, Franz Xaver Haberl (Oberellenbach in Niederbayern, 1840-Regensburg, 1910), que había sido ordenado sacerdote en 1862 y que trabajaba como maestro de capilla en la catedral de Regensburg, solo consiguió realizar su carrera académica en instituciones vaticanas. Peter Wagner (Kürenz bei Trier, 1865-Freiburg in der Schweiz, 1931), el destacado investigador del canto gregoriano, hizo su entera carrera universitaria, después de sus estudios en Estrasburgo y Berlín, en la recién fundada Universidad de Friburgo (Suiza), con la que los cantones católicos de la Confederación habían querido establecer un decidido contrapeso frente a las universidades protestantes de Basilea, Berna, Zúrich, Lausana, Neuenburg y Ginebra: una emblemática publicación de Wagner va a sernos útil para la siguiente argumentación en varios puntos. Aún en las siguientes generaciones, investigadores como Ludwig Schiedermair (Regensburg, 1876-Bensberg, 1957) o Karl Gustav Fellerer (Freising, 1902-Múnich, 1984), que también trabajó en la universidad católica de Friburgo en Suiza, constituyen raras excepciones. Incluso a principios del siglo XXI se puede asumir que aproximadamente unos tres cuartos de los historiadores e historiadoras de la música activos en las universidades alemanas tienen un trasfondo familiar protestante.
Esta preponderancia de la perspectiva protestante adquirió un peso adicional por el escaso número de eruditos judíos en comparación con otras disciplinas humanísticas: es verdad que Adolf Bernhard Marx (Halle an der Saale, 1795-Berlín, 1866) –que trabajó desde 1830 en la universidad de Berlín– desempeñó un papel importante en la fundación de la musicología antes de su establecimiento universitario, y también que Guido Adler (Eibenschütz [hoy Ivančice, República Checa], 1855-Viena, 1941), quien trabajó como musicólogo solo después de haber completado sus estudios jurídicos, se convirtió en uno de los eminentes «padres fundadores» de la disciplina, y que Gustav Jacobsthal (Pyritz [hoy Pyrzyce, Polonia], 1845-Berlín, 1912), en 1871, fue el primer profesor universitario de musicología en el sentido moderno de la disciplina en la Estrasburgo recién anexionada al Imperio alemán. Sin embargo, los eruditos judíos fueron excepciones aisladas en la musicología universitaria hasta la Primera Guerra Mundial.
Las consecuencias de estos datos demográficos apenas pueden ser sobrevaloradas. Si bien la sociedad alemana actual se caracteriza por un laicismo generalizado, no se puede olvidar el papel que desempeñó el conflicto, que se remonta a la Reforma, entre las dos confesiones cristianas en Alemania, hasta bien entrada la década de 1970. En varios Länder de la Alemania Occidental, hasta 1968, la educación escolar estatal estaba organizada exclusivamente en escuelas ligadas a una confesión; la formación de los profesores, incluso dentro de una misma ciudad, la llevaban, en parte, «academias» o «escuelas superiores pedagógicas» autónomas, una católica y otra protestante. Incluso después de 1970, en la Universidad de Tubinga, una medida de discriminación positiva reservaba una cátedra de historia regional para un profesor católico. En el siglo XIX, el Gobierno de Bismarck se caracterizó por el así llamado Kulturkampf –donde Kultur designa el «culto», no la «cultura»–: el Gobierno prusiano, de orientación protestante, intentó recortar la autonomía de la Iglesia católica en la década de 1870, valiéndose de disposiciones legislativas expresamente creadas, en varios casos, para encarcelar a curas y obispos.
En esta situación, no sorprende que representantes protestantes de la historiografía de la música tuvieran un gran interés –al menos en Prusia– en resaltar muy enérgicamente la importancia de compositores de influencia protestante. En ello, no todos fueron tan lejos como el ya nombrado Carl von Winterfeld, quien sin vacilar caracterizó como el «Palestrina prusiano» a Johann Crüger (Groß Breesen in Brandenburg, 1598-Berlín, 1662), Kantor en la Hauptkirche de Berlín, una pequeña ciudad de más bien poca importancia antes de 1750. Pero incluso en la historiografía contemporánea de la música se pueden reconocer juicios sesgados: por ejemplo, no se entiende por qué sabemos mucho más sobre Johann Hermann Schein (Grünhain in Sachsen, 1586-Leipzig, 1630) que sobre Tomás Luis de Victoria (Ávila, ca. 1548-Madrid, 1611), que al fin y al cabo trabajó en el Collegium Germanicum en Roma. Pero también el compositor luterano Dietrich Buxtehude (Helsingborg, Suecia, ca. 1637-Lübeck, 1707) ha sido hasta hoy mejor investigado que Georg Muffat (Megève, Saboya, 1653-Passau, 1704) o Heinrich Ignaz Franz Biber (Wartenberg [hoy Strážpod Ralskem, República Checa], 1644-Salzburgo, 1704), quienes trabajaron en cortes de obispos-príncipes en el sur de Alemania. No es menos el caso para la historia musical de los países de habla alemana en el siglo XVIII, en la que sabemos muchísimo más sobre el desarrollo de la música eclesiástica protestante y sobre compositores en regiones protestantes de Alemania del norte que sobre los compositores católicos y el desarrollo de la música eclesiástica católica. Para hacer una comparación entre centros equiparables: estamos bien o incluso muy bien informados sobre Carl Heinrich Graun (Wahrenbrück in Brandenburg, ca. 1703-Berlín, 1759) y Johann Friedrich Reichardt (Königsberg in Ostpreußen [hoy Kaliningrado, Federación Rusa], 1752-Giebichenstein bei Halle an der Saale, 1814), maestros de capilla de la corte del príncipe de Brandemburgo (y rey de Prusia); mientras que no sabemos prácticamente nada sobre los maestros de capilla activos en Múnich en la misma época, Giovanni Porta (Venecia, ca. 1675-Múnich, 1755) y Andrea Bernasconi (Marsella, ca. 1706-Múnich, 1784). La historia de la llamada «cantata de iglesia» en el siglo XVIII también está bien estudiada más allá de la contribución específica de Johann Sebastian Bach; sin embargo, el desarrollo de la música litúrgica en las iglesias y cortes católicas constituye, ahora como antes –con la excepción de algunos detallados estudios sobre la situación en el Salzburgo del joven Mozart–, una terra incognita.
Ciertamente, en casos concretos, a un extendido resentimiento anticatólico se superponen también actitudes nacionalistas, como en los casos de los citados maestros de capilla de la corte muniquesa, ambos inmigrantes italianos. Sin embargo, la desestimación en la historiografía musical universitaria de, por ejemplo, el teatro musical –y eso no solo en los países de habla alemana, sino también en Estados Unidos– no puede explicarse únicamente a través de estas exigencias nacionalistas. Cuando las obras del teatro musical no pudieron utilizarse en la construcción de una historia de la música nacional –como sí sucedió en los casos de Gluck, Weber o Wagner –, el propio teatro musical fue incluido en el rechazo, también profundamente protestante, de todo aquello que pudiera parecer «externo», cuando no exhibicionista o sensual, e incluso inmoral o embrutecido. Los juicios morales emitidos en el enfrentamiento operístico de Hamburgo del decenio de 1730 por pastores luteranos, o por un Johann Christoph Gottsched (Juditten bei Königsberg, Prusia Oriental [hoy, Kaliningrado, Rusia], 1700-Leipzig, 1766), tuvieron, a su manera, una longue durée hasta bien entrado el siglo XX.
Más allá de esta aproximación al repertorio tan distorsionada, el condicionamiento confesional de la disciplina musicológica también ha generado orientaciones sobre las que hasta hoy apenas se ha reflexionado en el ámbito metodológico. La imposición de una hermenéutica específicamente musical en Kretzschmar y Schering no sería imaginable sin el modelo de la hermenéutica teológica arraigada en la Reforma. En su atención privilegiada hacia los textos, el paradigma que aquí hemos llamado, exagerando un poco, «teológico» interfiere con el paradigma filológico. Precisamente a partir de la tradición de la teología reformada se puede explicar el ímpetu con el que numerosos historiadores de la música someten las partituras