Общее руководство комиссиями должна была осуществлять Центркомдезертир. Состав каждой нижестоящей комиссии определялся вышестоящей, перед которой и производился регулярный отчет.
Состоялось три заседания Центркомдезертира: 24, 25 и 27 декабря 1918 г. Первое, подготовительное, заседание открылось 24 декабря.
В заседании 25 декабря приняли участие представители народных комиссариатов юстиции, продовольствия, труда, путей сообщения, социального обеспечения, агитационного отдела Бюро военных комиссаров и Военного отдела издательства ВЦИК, Московского Окружного комиссариата по военным делам. На этом заседании было принято постановление о принятии срочных мер: поручить агитационно-просветительному отделу Бюро военных комиссаров принять немедленные меры к борьбе с дезертирством посредством печати, представив к следующему заседанию доказательства выполнения этой задачи; привлечь через Народный комиссариат просвещения художников к составлению плакатов, иллюстрирующих дезертирство и борьбу с ним, представив к следующему заседанию список художников; поручить издательству ВЦИК составить для распространения брошюру о дезертирстве; сообщить в партийные комитеты об устройстве в ближайшие дни митингов на тему о дезертирстве и борьбе с ним. Указанные пункты было предложено выполнить представителю Бюро военных комиссаров203.
Представитель Всероглавштаба должен был предложить округам выработать в окружных совещаниях меры борьбы с дезертирством и о принятых решениях сообщить комиссии; выработать проект приказа Реввоенсовета Республики об отпусках военнослужащих Красной армии, о порядке снабжения военнослужащих удостоверениями в случае утраты отпускных документов, об обязанностях военнослужащих предъявлять предписания и отпускные билеты в комендантские управления, о предоставлении органам военного управления права привлечения к ответственности сельские советы и домовые комитеты в случае обнаружения в состоящих в их ведении населенных пунктах дезертиров, а также о принятии местными органами военного управления самых действительных мер надзора за регистрацией всех военнослужащих, прибывающих в пункты расположения названных учреждений, об учреждении распоряжений окружных комиссариатов трехчленных комиссий для выяснения состояния здоровья военнослужащих, находящихся в лечебных заведениях для испытания, а также для надзора за порядком приема поступающих в эти заведения204.
Всероглавштаб должен был выработать проект приказа Реввоенсовета республики об отпусках служащих Красной армии, о порядке снабжения военнослужащих удостоверениями в случае утраты отпускных документов, об обязанностях военнослужащих предъявлять предписания