В 1888 году открывается кафедра при Московском университете, которой с 1891–1902 года руководил создатель крупной научной школы клинико-физиологического направления – Нил Фёдорович Филатов. Он впервые выделил и описал ветряную оспу и скарлатинозную краснуху, выявил ранний признак кори на слизистой полости рта. Его лекции, записанные и изданные учениками, многократно переиздавались. В 1885 году в Санкт-Петербурге создаётся первое в России научное общество детских врачей под руководством Н. И. Быстрова, в 1892 г. – аналогичное общество в Москве под руководством самого Филатова.
В России формирование научной гигиены проходило во второй половине XIX века и одним из её основоположников был профессор Алексей Петрович Доброславин (1842–1889). В 1871 году он стал инициатором открытия первой в России кафедры гигиены, экспериментальной лаборатории в Петербургской медико-хирургической академии. Он является автором первых отечественных учебников по гигиене. В 1878 году Доброславин основывает Русское общество охранения народного здравия и издаёт журнал «Здоровье».
Вторая в России кафедра гигиены была создана в 1882 году в Московском университете и её возглавил профессор Ф. Ф. Эрисман (1842–1915 гг.): его деятельность заключалась в области общественной санитарии, практическом участии в разработке водопровода и канализации Москвы, обследование фабрик и заводов Московской губернии.
Середина 19 века стало временем расцвета российских медицинских школ. В области терапии особое место занимали две научные клинические школы: школа С. П. Боткина, положившая начало экспериментальному направлению в отечественной клинической медицине (в Военно-медицинской академии), и школа Г. А. Захарьина, олицетворявшая искусство клинической практики (в Московском университете). В 1887–1891 гг. усилиями профессоров факультета, медицинской общественностью, благотворительных обществ и меценатов на Девичьем поле (ныне Большая Пироговская улица) был создан Клинический городок, по тем временам один из лучших в Европе как отметили участники XII Всемирного съезда врачей, проходившего в Москве в 1897 году. В этот период в составе факультета были основаны новые институты, такие как фармакологии, гигиены, бактериологии, а также новые кафедры химии и физики, гистологии и эмбриологии, оперативной хирургии и топографической анатомии, общей патологии, гигиены, истории и энциклопедии медицинских знаний. Там же в Клиническом городке создавались научные общества, учреждались научные журналы, организовывались многочисленные научные съезды и конгрессы. Сам этот медицинский